据说会python的人一般精通perl
额，不好意思啊~我一学长给了我一个程序，可我一点都不懂python，只能大概明白它的意思，如果有大神愿意感兴趣的话，能不能试着把下面的这个python程序改成兼容性更好的perl呢，坐等大神出现！！！
p.s:也在perl区提出了，求关注~
下面是代码：#usage: python cds_abs.py input_file output_file
# the input file contains 2 columns
#eg;
#NM_000497.0 c.595+16G>T
#
import re
import sys
def usage():
print '''
python cds_abs.py input_file output_file
'''
if len(sys.argv)!=3:
sys.exit(usage())
import gzip
fin=sys.argv
fout=sys.argv
f=open(fin,'r')
o=open(fout,'w')
######
def position(nm,ps):
global ore
cds=gzip.open(‘hg19.dbref.gz')
# cds=open('hg19.dbref.sort')
ps = int(ps)
while 1:
line=cds.readline()
if not line:
break
nm1=re.search("NM_(\d+)",line.split('\t'))
if not nm1:
continue
else:
flag=line.split('\t')
global chr
chr = line.split('\t')
nm1=nm1.group(1)
if nm==nm1:
while 1:
pos=cds.readline()
if not re.match("^C\d+",pos):
continue
else:
cdspos=pos.split('\t')
if flag == '+':
ore = '+'
for num in range(int(cdspos),int(cdspos)+1):
ps-=1
if ps==0:
return (num,flag)
else:
ore = '-'
for num in range(int(cdspos),int(cdspos)-1,-1):
ps-=1
if ps==0:
return (num,flag)
cds.close()
#########
def result(nm,ps):
fu = re.search("^-(\d+)",ps)
if fu:
# print fu.group(1)
(res,flag)=position(nm,'1')
if ore == '+':
return (res-int(fu.group(1)))
else:
return (res+int(fu.group(1)))
he=re.search("(\d+)\-(\d+)",ps)
if he:
(res,flag)=position(nm,he.group(1))
if flag == '+':
return (res-int(he.group(2)))
else:
return (res+int(he.group(2)))
else:
hehe=re.search("(\d+)\+(\d+)",ps)
if hehe:
(res,flag)=position(nm,hehe.group(1))
if flag == '+':
return res+int(hehe.group(2)),
else:
return res-int(hehe.group(2))
else:
(res,flag)=position(nm,ps)
return res
#res=position("000015",20)
#print res
####
#res=result("014020","205")
#print res
###
########### for the finding of mutation in 3'UTR
def utr3(nm, ps):
global ore
ps=int(ps)
cds=gzip.open('hg19.dbref.gz')
while 1:
line=cds.readline()
if not line:
break
nm1=re.search("NM_(\d+)",line.split('\t'))
if not nm1:
continue
nm1 = nm1.group(1)
if nm==nm1:
global chr
chr = line.split('\t')
flag = line.split('\t')
ut1 = line.split('\t')
ut2 = line.split('\t')
while 1:
pos = cds.readline()
if not re.match("^3U\d+",pos):
continue
utrpos = pos.split('\t')
if flag == '+':
ore = '+'
for num in range(int(utrpos),int(utrpos)+1):
ps -= 1
if ps == 0:
return num
else:
ore = '-'
for num in range(int(utrpos), int(utrpos)-1,-1):
ps -= 1
if ps == 0:
return num
for line in f.readlines():
word=line.split('\t')
nm=re.search("NM_(\d+)",word)
if nm:
nm=nm.group(1)
else:
o.write("-\t-\t-\t-\t-\n")
continue
mut=re.search("c\.(+)_(+)",word)
if mut:
res=str(result(nm,mut.group(1)))
res+='..'+str(result(nm,mut.group(2)))
else:
mut=re.search("c\.(+)",word)
if mut:
res=result(nm,mut.group(1))
else:
mut=re.search("c\.(\d+)",word)
if mut:
res=positon(nm,mut.group(1))
else:
##### c.*111A>G : the 3'UTR region
utr = re.search("c\.\*(\d+)",word)
if utr:
res = utr3(nm, utr.group(1))
else:
res="ERR"
o.write(chr+"\t"+str(res)+'\t'+ore+"\t"+line)
# delpos=re.search("(\d+)_(\d+)",word)
# delpos=delpos.group(1)
# a=delpos.group(1)
# b=delpos.group(2)
# res=position(nm,a)
# res+=position(nm,b)
# print res
据说这个程序的逻辑是比较差的，遇到错误不能跳过，效率上也不怎么好。不过实现起来非常好用~
大神们，来吧来吧，嘻嘻，谢谢 本帖最后由 remyzane 于 2014-01-16 22:41 编辑
> 据说会python的人一般精通perl
楼主这句式风骚啊！我也来一个：
据说会炒菜的人一般精通洗碗
:outu::outu::outu::outu::outu::outu::outu::outu::outu::outu: 楼主感情这是拿坛友当免费劳动力使呀。:outu: 回复 3# ssfjhh
对不起 貼一個這麼長的東西出來，太傷神了……
1. 沒說明這東西是做什麼用的
2. 你已經找出一些間鍵的話大家也好幫忙
直接把全部貼出來真的是幫不上忙啊！ 回复 5# play9091
其实我也不知道可以做什么的，据说是在一个大文件中匹配对应的位置得到坐标。对不起各位捧场的亲了，sorry 人一般精通perl ,据说会python
人一般精通python ,据说也不知道会perl 回复 7# substr函数
噢？呵呵，是吗 好丑陋的代码..............顿时无趣，不想写了 回复 9# jun413947139
大神，我作为一个菜鸟，不应受到这样的打击的。。。
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