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niuguohao 发表于 2018-04-25 22:36

求助：perl 匹配替换的问题

我有一个文件A，里面有两列，如下：
384208chr1
384206chr2
384197chr3

……

还有另一个文件B，想把B中所有A里面第一列的内容替换为对应的第二列的内容，该怎么写脚本呢？
例如：
aaaaaaa384208bbbb
aaaaaaa384197ccccc
替换为：
aaaaaaachr1bbbb
aaaaaaachr2ccccc

A文件大约2万行，用sed似乎不太合适；
A里面都是一一对应切不重复的，本来把A写成了哈希，然后替换B文件中的，但一直报错，求各位大神帮忙！！！

niuguohao 发表于 2018-04-25 23:13

以下是我自己写的，刚刚开始学，写的漏洞百出，请各位帮忙指点！
#!/usr/bin/perl
use strict;
my %hash_data;
open(FL,"name5");
while(<FL>)
{
      chomp();
      my ($dkey,$dval)= split(/\s+/,$_);
      $hash_data{$dkey}=$dval;
}
close(FL);
open (FF,"out5.recode.vcf");
while (<FF>){
      s/$tkey/$hash_data{$tkey}/ while $_ =~/$tkey/;
print $_;
}

kernel69 发表于 2018-04-26 08:48

回复 1# niuguohao

# perl -lne '@ARGV==1 ? do{@F=split;$h{$F}=$F} : do{s/(\d+)/$h{$1}/e and print}' a b
aaaaaaachr1bbbb
aaaaaaachr3ccccc
#

niuguohao 发表于 2018-04-26 10:16

回复 3# kernel69

感谢大神帮助，我还有问题，按照这样输出的结果好像仅是发生替换的行，如果想同时把没有替换过的行也输出该怎样写呢？

niuguohao 发表于 2018-04-26 11:26

#!/usr/bin/perl
my %hash;
open(FL,"name5");
while(<FL>)
{
      chomp();
      my ($key,$val)= split(/\t+/,$_);
      $hash{$key}=$val;
      }
open (FF,"out5.recode.vcf");
while (<FF>){
      s/DF(\d+)\.1/$hash{$key}/e while $_=~/DF(\d+)\.1/;
      print $_;
      }
close(FL);
close(FF);

重新改了改，现在要替换的字符都被替换成空了……
我前面说的不对，，，文件A应该是这样的：
DF384205.1      Sme2.5_33732.1
DF384204.1      Sme2.5_33731.1
DF384203.1      Sme2.5_33728.1
…………



烦劳各位大神帮忙看看

kernel69 发表于 2018-04-26 12:27

回复 4# niuguohao

那就把and替换成;
perl -lne '@ARGV==1 ? do{@F=split;$h{$F}=$F} : do{s/(\d+)/$h{$1}/e;print}' a b

niuguohao 发表于 2018-12-25 20:30

#!/usr/bin/perl
my %hash;
open(FL,"name5");
while(<FL>)
{
      chomp();
      my ($key,$val)= split(/\t+/,$_);
      $hash{$key}=$val;
      }
open (FF,"out5.recode.vcf");
while (<FF>){
      s/DF(\d+)\.1/$hash{$key}/e ;
      print $_;
      }
close(FL);
close(FF);

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