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标题: 大侠帮忙改改代码啦 [打印本页]

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作者: camus1984    时间: 2010-12-02 15:40
标题: 大侠帮忙改改代码啦
小弟才学perl不久，下面这个代码是实现每个字符在每个位置上出现的次数，主要用在生物信息中的氨基酸频率统计
用hash完成的，写完后，发现跟我在C#里写的思路完全一样，貌似没有找到perl的感觉啊，所以请大虾帮忙看看，怎么写能更好呢？谢谢啦～

1. use strict;
   
2. use warnings;
   
3. 
   
4. my @testSet = ("ACDE","ADEF","DEFG","EFGH");
   
5. my %hashTable ;
   
6. foreach my $seq(@testSet){
   
7.         for(my $i=0;$i<length($seq);$i++){
   
8.                 my $aminoAcid= substr($seq,$i,1);
   
9.                 my $tempKey=$aminoAcid."$i";
   
10.                 if(exists $hashTable{$tempKey}){
    
11.                         $hashTable{$tempKey} +=1;
    
12.                 }
    
13.                 else{
    
14.                 $hashTable{$tempKey}= 1;
    
15.                 }
    
16.         }
    
17. }
    
18. while ((my $key,my $value) = each %hashTable) {
    
19.         print "$key=$value\n";
    
20. }

复制代码

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作者: 小鹭    时间: 2010-12-02 16:22


perl -ne 'chomp; @str=split(//); for ($i=0; $i<scalar(@str); $i++) {$rec{$str[$i].$i}++} END{foreach (keys %rec) {print "$_ $rec{$_}\n"}}' bio.txt


E0 1
D2 1
G3 1
E1 1
D1 1
C1 1
D0 1
G2 1
E2 1
F2 1
F3 1
A0 2
F1 1
H3 1
E3 1

感觉还不是很利索，还有修改的余地。

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作者: li_000828    时间: 2010-12-02 16:22

1. #!/usr/bin/perl
   
2. @testSet = ("ACDE","ADEF","DEFG","EFGH");
   
3. @tem=split //,(join '',@testSet );
   
4. for(@tem)
   
5. {
   
6.   $hash{$_}++;
   
7. }
   
8. print map {"$_ => $hash{$_}\n"} sort keys %hash;
   

复制代码

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作者: 昭襄王    时间: 2010-12-02 16:26
初学，试着写了个，感觉那个$i比较多余，能用$.吗？

1. @test_set = qw/ACDE ADEF DEFG EFGH/;
   
2. for (@test_set){
   
3.   @c = split //;
   
4.   $i = 0;
   
5.   for $x (@c){
   
6.     $hash{$x.$i}++;
   
7.     $i++;
   
8.   }
   
9. }
   
10. for $key (keys %hash){
    
11.   print "$key=$hash{$key}\n";
    
12. }

复制代码

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作者: wfnh    时间: 2010-12-02 16:48
回复 4# 昭襄王

$.用在文件句柄里····不要唔会了··

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作者: 昭襄王    时间: 2010-12-02 16:51

回复  昭襄王

$.用在文件句柄里····不要唔会了··
wfnh 发表于 2010-12-02 16:48

    哦，明白了，多谢！

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作者: wfnh    时间: 2010-12-02 16:56

1. 
   
2. my @testSet = ("ACDE","ADEF","DEFG","EFGH");
   
3. my %hash;
   
4. map{$_ => $hash{$_}++} map{split ''} @testSet;
   
5. print "$_ => $hash{$_}\n" for (sort keys %hash);
   
6. 
   

复制代码

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作者: camus1984    时间: 2010-12-02 17:00
谢谢大家的回复
晚上吃完饭研究一下

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作者: 昭襄王    时间: 2010-12-02 17:02
回复 7# wfnh


    审题不认真，不单纯是统计字母
统计字母在不同字符串中的同一位置
./pl025
E0=1
D2=1
G3=1
E1=1
D1=1
C1=1
D0=1
G2=1
E2=1
F2=1
F3=1
A0=2
F1=1
H3=1
E3=1

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作者: wfnh    时间: 2010-12-02 17:03
回复 9# 昭襄王

的确···
我改一下··

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作者: 小鹭    时间: 2010-12-02 17:12


perl -ne 'chomp; $i=0;s/(\w)/$1 . $i++ . " "/ge; @str=split(/ /); map{$_, $test{$_}++} @str; END{foreach (keys %test) {print "$_ $test{$_}\n"}}' bio.txt

map{$_, $test{$_}++} @str 改成map{ $test{$_}++} @str更简洁一点。

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作者: 昭襄王    时间: 2010-12-02 17:18

perl -ne 'chomp; $i=0;s/(\w)/$1 . $i++ . " "/ge; @str=split(/ /); map{$_, $test{$_}++} @str; END{for ...
小鹭 发表于 2010-12-02 17:12

    很霸道的想法。学习。

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作者: 小鹭    时间: 2010-12-03 11:37
给一个精悍一些的

perl -aF'' -ne 'for ($i=0; $i< scalar(@F); $i++) {$F[$i] !~ /\n/ and $a{$F[$i] . $i}++;}END{foreach (keys %a){print "$_ $a{$_}\n"}}' bio.txt

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作者: kingwmj    时间: 2010-12-03 17:01
学生物信息的，同行顶一个。

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