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标题: 哪位大哥知道东北做linux HPC的商家？ [打印本页]

作者: longmethod 时间: 2006-12-04 08:40
标题: 哪位大哥知道东北做linux HPC的商家？
想配几台双Xeon的机器做集群，主要应用于生物学运算。

谢谢~

作者: nntp 时间: 2006-12-04 17:56
如果只有几台的话，根本没有必要找人来弄，自己弄弄就好了.

节点数少的话，装好linux, PBS, MPICH, 然后把你的计算软件在头节点上的nfs share装好，就结束了.

作者: longmethod 时间: 2006-12-04 20:38
谢谢，我们以前没有弄过，没谱，

预算10万以内，哪位大哥给看看能配几个节点，给出配置最好了，包括机柜&UPS，

谢谢了先~~

作者: 我爱钓鱼 时间: 2006-12-05 08:07

原帖由 longmethod 于 2006-12-4 20:38 发表
谢谢，我们以前没有弄过，没谱，

预算10万以内，哪位大哥给看看能配几个节点，给出配置最好了，包括机柜&UPS，

谢谢了先~~

10W以内。。。最多四个节点吧。BTW：做运算的话， operton的表现要比xeon强些。

作者: longmethod 时间: 2006-12-05 19:25
xiexie~~

作者: yuguanglou 时间: 2006-12-05 21:00
10W有点寒酸

作者: nntp 时间: 2006-12-05 22:21
10w预算的话，你得好好考虑，到底你的生物学计算是否是分布依赖型的. 如果是CPU-MEM型的，就不应该购买cluster. 你需要用10w购买一台高端的RISC服务器设备，作集中计算。这个和预算有关系，但是和你的计算类型更加有关系.

有些类型的计算，你买了一堆的机器作cluster,效果也没有单机的好.

作者: longmethod 时间: 2006-12-06 20:44
xiexie~~
能解释下分布依赖和CPU-MEM，如何区分么？

作者: 笑看风云_淡 时间: 2006-12-13 13:19

原帖由 longmethod 于 2006-12-6 20:44 发表
xiexie~~
能解释下分布依赖和CPU-MEM，如何区分么？

分布依赖就是1台机器的运算结果将是下1台的数据（或者参数）源

作者: 东方和尚 时间: 2006-12-19 16:15
服务器4台，8节点，配置如下：
INTEL XEON 5130双核 2.0GHz(4M L2/1333MHz FSB) *2/1GB DDR2 FBD内存 *4/200G SATA2非热插拔硬盘 *2/SATA RAID 1/50X CD光驱/USB软驱/510W电源/双千兆网卡/专用导轨/2U机架式/3年售后服务

42U(90深)黑色机柜+交换机+网线+KVM+显示器+键鼠+UPS+机房空调

以上所有设备均采用国内品牌以降低成本，初步估计，硬件成本约在12W左右（不含任何软件及设备安装费用）。如果预算在10W以内，就只能牺牲计算性能降低配置了！

[ 本帖最后由东方和尚于 2006-12-19 16:21 编辑 ]

作者: longmethod 时间: 2006-12-19 17:22
有几家给出了相当的配置，正在考虑中，多谢。

另外，是要2台四路的，还是四台双路的？有人提出四路的两台好些。

作者: nntp 时间: 2006-12-19 20:55

原帖由 longmethod 于 2006-12-19 17:22 发表
有几家给出了相当的配置，正在考虑中，多谢。

另外，是要2台四路的，还是四台双路的？有人提出四路的两台好些。

你真的熟悉你要处理的生物学计算的软件和计算类型么? 如果你就是用户，应该很清楚自己用的软件到底是怎样的状况把?

到底是2台4way还是4台2way,完全取决于你的软件到底是怎样的计算特点。如果不是分布依赖的，买的再多的机器跑了也是白跑.

作者: 我爱钓鱼 时间: 2006-12-20 07:28

原帖由 nntp 于 2006-12-19 20:55 发表

你真的熟悉你要处理的生物学计算的软件和计算类型么? 如果你就是用户，应该很清楚自己用的软件到底是怎样的状况把?

到底是2台4way还是4台2way,完全取决于你的软件到底是怎样的计算特点。如果不是分布依赖 ...

我见过生物学计算的是用高斯之类的软件算的，还是可以用HPC的。不过，不知道LZ到底用什么软件。。。。

作者: straw 时间: 2006-12-20 09:45
生物学计算用的最多的计算类型就是隐马儿科夫型的算法。一般涉及到需要计算的有基因比对blast,序列拼接,还有一些分子模型中的3维结构，和特定仪器相关的数据处理。当然也有自己研究算法解决问题的，不过这类研究机构不多，据我所知目前就上海一家研究所专门在搞。生物学计算的大部分问题都可以分解成多个任务同时计算，最后把结果整合一下就好了。这样的处理是很容易的，只要你的计算不吃内存，买什么机器都是无所谓的。

作者: nntp 时间: 2006-12-20 21:51

原帖由 straw 于 2006-12-20 09:45 发表
生物学计算用的最多的计算类型就是隐马儿科夫型的算法。一般涉及到需要计算的有基因比对blast,序列拼接,还有一些分子模型中的3维结构，和特定仪器相关的数据处理。当然也有自己研究算法解决问题的，不过这类研究机 ...

我保留意见.以我所接触的生物计算方面的hpc项目来看，并非如此.

作者: straw 时间: 2006-12-21 10:06
可能我在一个地方呆的太久了，呵呵，不过最近发现用R的人特别的多

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