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标题: perl程序调用system老是出问题 [打印本页]

作者: chenjiali1 时间: 2013-04-16 23:14
标题: perl程序调用system老是出问题
我的程序中一部分内容如下
my $joblist1="joblist1.txt";
system("submit_scripts_to_PBS.pl -j $joblist1 -q $q_que -t $t_que");
wait;

submit_scripts_to_PBS.pl 是个往服务器提交脚本的程序，我程序里面调用它是为了让它能够自动把任务提交。

奇怪的是我每次跑到system的时候程序都出问题。
后来我把程序前面生成的$joblist1 直接在终端输入submit_scripts_to_PBS.pl -j $joblist1 -q $q_que -t $t_que ，其中的变量我都进行了相应的替换，程序是跑的通的，可是在长程序里面到这步中是卡住，提示如下问题
SUBMIT: map_1: /leofs/yangyg_group/zhaoxu/m6a/out-4/tmp/bwa_map/map_1.sh
Can't exec "qsub": No such file or directory at /usr/lib/perl5/5.8.8/IPC/Open3.pm line 246.
open2: exec of qsub -h failed at /software/biosoft/software/corona_lite_v4.0r2.0/lib/perl/PBSJob.pm line 91.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /software/biosoft/software/corona_lite_v4.0r2.0/lib/perl/PBSJob.pm line 102.
[ERROR] qsub: (27913):

请各位高手指教，很奇怪为什么单独跑这一句能跑，放到大程序中system却不行了，我试过将system("submit_scripts_to_PBS.pl -j $joblist1 -q $q_que -t $t_que");放到一个单独的perl里面，是能够跑的，所以我觉得system调用应该没问题。
小女子就是找不出来问题了，望指点迷津！

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