Chinaunix

标题: perl 重命名ID的代码 [打印本页]

---

作者: 一串儿葡萄皮    时间: 2015-07-30 15:45
标题: perl 重命名ID的代码
我有n条fasta格式的序列，现在想对序列的ID名称改变为从1开始 的数字，即seq1 , seq2.....seqn,希望大神帮忙用perl写个代码

我文件格式，ID如下如下：
>AT3G56040.1|PACid:19662817
MANPQASPILHHPQNHLSLFHFRTTTSPRSFSSLHFRKPLLFLSSSSSFSSKLQQSEQQCNNHQVRHVSTVPVEYSTPTPPESDDFLSEIDRLKSLLSKLDVSKDLRRKDAVIDADSRVRRFFSENRGGLSKVFGYLGLNSNEMFLVKCVIAAGQEHALCMNYEEAFGEEEEEYTVRSSVKNALYALVEMIERFDVNSSGYKGRREMGTVLDSEEIAHFRKFLTFLEEIEQFYDCIGGIIGYQVMVLELLHQSSKRRNTNRSQLVEESLGCQYLEMHTPSVLDLTQEEDYASQAALWGIEGLPDLGEIYPLGGAADRLGLIDSETGECLPAAMLAHCGRTLLEGLIRDLQAREFLYFKLYGKQCVTPVAIMTSAAKNNHEHVSSLCERLKWFGRGQSNFRLFEQPLVPAVSAEDGQWIVSKPFVPVSKPGGHGVIWKLAYDKGVFNWFYDHGRKGATVRQVSNVVAATDVTLLALAGIGLRYNKKLGFASCKRNAGATEGINVLMEKKNFDGKWEYGISCIEYTEFDKFDISNRSPSSNGLQADFPANTNILYVDLHSAELIGSSSNAKSLPNMVLNTKKRIEYLDQYGDYHSVMGGRLECTMQNIADNFFNKFPSRCHGSLEDKLDTYIVYNERRKVTSSAKKKKPHASAALHQTPDGALLDILRNGYDLLTECDIKLPMIEANDKYVDSPPPYLILLHPALGPLWEVSRQKFKGGSISSCSELQLEIAEFSWNNVQVDGSLIVTAENAMGSTTPNDNGEPILQYGLRCGKCKLHNVNVVNRGIDWNSKSNVYWRNDVNRLETCKIILHGNAEFEASNVTIEGHHVFEVPDGHKLKITSGNAGLSINLEALKEEVMETGSWYWNYQLNGSHIHLQQVEVSQS*
>AT3G03250.1|PACid:19663528
MAATTENLPQLKSAVDGLTEMSESEKSGFISLVSRYLSGEAQHIEWSKIQTPTDEIVVPYEKMTPVSQDVAETKNLLDKLVVLKLNGGLGTTMGCTGPKSVIEVRDGLTFLDLIVIQIENLNNKYGCKVPLVLMNSFNTHDDTHKIVEKYTNSNVDIHTFNQSKYPRVVADEFVPWPSKGKTDKEGWYPPGHGDVFPALMNSGKLDTFLSQGKEYVFVANSDNLGAIVDLTILKHLIQNKNEYCMEVTPKTLADVKGGTLISYEGKVQLLEIAQVPDEHVNEFKSIEKFKIFNTNNLWVNLKAIKKLVEADALKMEIIPNPKEVDGVKVLQLETAAGAAIRFFDNAIGVNVPRSRFLPVKASSDLLLVQSDLYTLVDGFVTRNKA

---

作者: 一串儿葡萄皮    时间: 2015-07-30 16:24
是我说得不够清楚吗？没人回复，，，

---

作者: climby    时间: 2015-07-30 16:28
回复 2# 一串儿葡萄皮

是将 含有 ">" 的行 修改成 seq1 , seq2, ... seqn 么
不懂fasta 格式啊


   

---

作者: 一串儿葡萄皮    时间: 2015-07-30 16:39
回复 3# climby

嗯嗯，是的。> 开头的表示ID名称，下一行是序列
   

---

作者: MMMIX    时间: 2015-07-30 16:43
回复 1# 一串儿葡萄皮


    try this:

1. 
   
2. perl -nE '$n = ($.+1)/2; /^>/ ? print "$n\n" : print' data.txt
   

复制代码

---

作者: climby    时间: 2015-07-30 16:48

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. my $i = 1;
   
7. while (my $line =<DATA>){
   
8.    if($line =~/^>/){
   
9.        print ">seq$i\n";
   
10.        $i++;
    
11.    }   
    
12.    else{
    
13.       print $line ;
    
14.    }   
    
15. 
    
16. }
    
17. 
    
18. 
    
19. __DATA__
    
20. >AT3G56040.1|PACid:19662817
    
21. MANPQASPILHHPQNHLSLFHFRTTTSPRSFSSLHFRKPLLFLSSSSSFSSKLQQSEQQCNNHQVRHVSTVPVEYSTPTPPESDDFLSEIDRLKSLLSKLDVSKDLRRKDAVIDADSRVRRFFSENRGGLSKVFGYLGLNSNEMFLVKCVIAAGQEHALCMNYEEAFGEEEEEYTVRSSVKNALYALVEMIERFDVNSSGYKGRREMGTVLDSEEIAHFRKFLTFLEEIEQFYDCIGGIIGYQVMVLELLHQSSKRRNTNRSQLVEESLGCQYLEMHTPSVLDLTQEEDYASQAALWGIEGLPDLGEIYPLGGAADRLGLIDSETGECLPAAMLAHCGRTLLEGLIRDLQAREFLYFKLYGKQCVTPVAIMTSAAKNNHEHVSSLCERLKWFGRGQSNFRLFEQPLVPAVSAEDGQWIVSKPFVPVSKPGGHGVIWKLAYDKGVFNWFYDHGRKGATVRQVSNVVAATDVTLLALAGIGLRYNKKLGFASCKRNAGATEGINVLMEKKNFDGKWEYGISCIEYTEFDKFDISNRSPSSNGLQADFPANTNILYVDLHSAELIGSSSNAKSLPNMVLNTKKRIEYLDQYGDYHSVMGGRLECTMQNIADNFFNKFPSRCHGSLEDKLDTYIVYNERRKVTSSAKKKKPHASAALHQTPDGALLDILRNGYDLLTECDIKLPMIEANDKYVDSPPPYLILLHPALGPLWEVSRQKFKGGSISSCSELQLEIAEFSWNNVQVDGSLIVTAENAMGSTTPNDNGEPILQYGLRCGKCKLHNVNVVNRGIDWNSKSNVYWRNDVNRLETCKIILHGNAEFEASNVTIEGHHVFEVPDGHKLKITSGNAGLSINLEALKEEVMETGSWYWNYQLNGSHIHLQQVEVSQS*
    
22. >AT3G03250.1|PACid:19663528
    
23. MAATTENLPQLKSAVDGLTEMSESEKSGFISLVSRYLSGEAQHIEWSKIQTPTDEIVVPYEKMTPVSQDVAETKNLLDKLVVLKLNGGLGTTMGCTGPKSVIEVRDGLTFLDLIVIQIENLNNKYGCKVPLVLMNSFNTHDDTHKIVEKYTNSNVDIHTFNQSKYPRVVADEFVPWPSKGKTDKEGWYPPGHGDVFPALMNSGKLDTFLSQGKEYVFVANSDNLGAIVDLTILKHLIQNKNEYCMEVTPKTLADVKGGTLISYEGKVQLLEIAQVPDEHVNEFKSIEKFKIFNTNNLWVNLKAIKKLVEADALKMEIIPNPKEVDGVKVLQLETAAGAAIRFFDNAIGVNVPRSRFLPVKASSDLLLVQSDLYTLVDGFVTRNKA
    
24. ~                        

复制代码

---

作者: 一串儿葡萄皮    时间: 2015-07-30 17:03
回复 6# climby

改好了，真的非常非常感谢你
   

---

作者: 一串儿葡萄皮    时间: 2015-07-30 17:06
回复 5# MMMIX


   thank you. should I say this in English? The problem is resuled.Thank you very much.

---

作者: MMMIX    时间: 2015-07-30 17:23
回复 8# 一串儿葡萄皮


    挑你方便的，能表达清楚意思就行了。

---

作者: b114213903    时间: 2015-07-30 18:34

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use Bio::SeqIO;
   
4. 
   
5. my $fasta=shift @ARGV;
   
6. (my $Out=$fasta)=~s/(\.[^\.]+)$/_out$1/;
   
7. 
   
8. my $IN=Bio::SeqIO->new(-file=>"$fasta",-format=>'fasta');
   
9. my $OUT=Bio::SeqIO->new(-file=>">$Out",-format=>'fasta');
   
10. my $n=0;
    
11. while(my $Seq=$IN->next_seq){
    
12.         $n++;
    
13.         print "Now $n:\t",$Seq->id,"\n";
    
14.         $Seq->id($n);
    
15.         $OUT->write_seq($Seq);
    
16. }
    
17. $IN->close();
    
18. $OUT->close();

复制代码

---

作者: MMMIX    时间: 2015-07-30 19:12
回复 10# b114213903


    我就知道有对应的模块……

---

作者: b114213903    时间: 2015-07-31 13:39
回复 11# MMMIX


    BioPerl模块，功能还是很强大的！

---

作者: MMMIX    时间: 2015-07-31 13:52
回复 12# b114213903


    关键是这个东西它有（专业）针对性，其他一些解决方法怎么看都像是 hackish

---

作者: b114213903    时间: 2015-07-31 14:41
回复 13# MMMIX


    嗯，您说的很对！这个模块主要就是生物信息员需要用的功能，序列格式转换、网络数据库获取数据、数据处理和分析，报告出图一系列的模块包，很给力！但需要时间学习，甚至安装都有问题，呵呵

---

作者: sunzhiguolu    时间: 2016-09-10 11:36

1. perl -nle 'print /\A>/ ? ++$n : $_' f

复制代码

---

作者: 华小飞_Perl    时间: 2016-09-11 19:51


来一个~

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use warnings;
   
4. use strict;
   
5. 
   
6. my $i;
   
7. while (<>) {
   
8.         chomp;
   
9.         if (/^>/m) {
   
10.                 $i++;
    
11.                 print ">seq", $i, "\n"；
    
12.         }
    
13.         print $_, "\n";
    
14. }

复制代码

---

欢迎光临 Chinaunix (http://bbs.chinaunix.net/)

Powered by Discuz! X3.2