【新手】怎么用perl写一个脚本比较两个基因文件里相同的语段再输出到新的文件里

moperyblue

回复 35# 酸奶盒

1. wc -l GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt C
   
2.    41444 GaA_GbA.txt
   
3.    62243 GbA_GaA.txt
   
4.    31182 C

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C文件 31182行记录就是两个文件相同"key"的记录

moperyblue

回复 39# 酸奶盒

1. awk -F'[:|\t]' 'NR==FNR{a[$2$3$1]=1;next}a[$2$3$4]'  GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt > C

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这样会没输出C文件?
是linux吗?
有awk工具? awk --version

moperyblue

回复 41# 酸奶盒

1. ==> GbA_GbD <==
   
2. gnl|AD2_NBI.cds|GbC30369598.1.0 AD2_NBI.cds:Gbscaffold19070.25.0        99.663  297     1       0       1       297     76      372     2.61e-154       544
   
3. 
   
4. ==> GbD_GbA <==
   
5. gnl|AD2_NBI.cds|GbC30374398.1.0 AD2_NBI.cds:Gbscaffold3437.17.0 99.822  562     1       0       1       562     1       562     0.0     1033

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这两个文件以tab分隔 是不是1和2列相同就算相同?

moperyblue

回复 43# 酸奶盒

1. #GbD_GbA
   
2. awk 'NR==FNR{a[$1$2]=1;next}a[$1$2]' GbA_GbD GbD_GbA > GbD_GbA_C
   
3. 
   
4. #GhA_GaA
   
5. awk 'NR==FNR{a[$1$2]=1;next}a[$2$1]'  GaA_GhA GhA_GaA > GhA_GaA_C
   
6. 
   
7. #GhD_GhA
   
8. awk 'NR==FNR{a[$1$2]=1;next}a[$2$1]' GhA_GhD GhD_GhA > GhD_GhA_C
   
9. 
   
10. #GhD_GrD
    
11. awk 'NR==FNR{a[$1$2]=1;next}a[$2$1]' GhD_GrD GrD_GhD > GhD_GrD_C

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moperyblue

回复 45# 酸奶盒


从你提供的数据 文件GbA_GbD 与 文件GbD_GbA 它们第一和第二列的数据格式是一样的 你再仔细看一下 是不是

moperyblue

回复 48# 酸奶盒


按这个格式 GbA_GbD、GbD_GbA这两个文件没有找到“交集”的数据  正常吗?

moperyblue

回复 50# 酸奶盒


按 第一和第二列 比较 没有相同的记录

moperyblue

回复 53# 酸奶盒


GbA_GbD GbD_GbA这两个文件按第一和第二两列匹配找不到相同"key"  如果这种情况是合理的那就没问题