如何批量修改一些文件

大帝亚历山大

化学男又来请教大神们了。。。

我现在有一系列的源文件【见附件】，格式如下


想把它们修改成一系列的目标文件【见附件】，格式如下


目的是把末尾为CL的原子在前面的标记也改成CL。

还有一点是，源文件列表里面有很多分子是不含CL的，需要先把含CL的分子挑选出来在做这样的修改。

求指点迷津。。。

附件.zip (1.35 KB, 下载次数: 4)

2014-04-16 01:19 上传

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MMMIX

回复 1# 大帝亚历山大


    找本 Shell 编程，或者其他脚本语言 Perl、Python、TCL 等等都行，的入门书好好学学吧。比你在论坛上这样发帖省时省力的多。

大帝亚历山大

好吧，我加油！回复 2# MMMIX


   

timespace

回复 3# 大帝亚历山大
Python版欢迎你
不过先得找个新手上路的教程，学习一两天。。。


   

井蛙夏虫

回复 1# 大帝亚历山大
这种问题最好到shell版块去问

   

井蛙夏虫

test.sh:

1. awk '
   
2. function myreplace(i, value) {
   
3.     sub("^([^ \t]+[ \t]+){"i-1"}", "&" SUBSEP);
   
4.     sub(SUBSEP "[^ \t]+", sprintf("%-"length($i)-1"s", value));
   
5. }
   
6. $1=="HETATM"&&$NF=="CL" {
   
7.     myreplace(3, "CL")
   
8. } 1' "$1" > /tmp/"$1".bak
   
9. mv /tmp/"$1".bak "$1"

复制代码

1. ls *.pdb | xargs -i -n 1 bash test.sh '{}'

复制代码

大帝亚历山大

那个倒数第二行的1'是什么意思啊？对不起。。好像没有修改成功，我也不知道哪里报错〒_〒。。回复 6# 井蛙夏虫