perl

MMMIX

回复 20# 聆雨淋夜


    对于我不熟悉的语言来说, 我就没有发现可读性好的.

b114213903

回复 3# MMMIX

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use Bio::SeqIO;
   
4. 
   
5. my $fasta=shift @ARGV;
   
6. (my $Out=$fasta)=~s/(\.[^\.]+$)/_out$1/;
   
7. 
   
8. my $IN=Bio::SeqIO->new(-file=>"$fasta",-format=>'fasta');
   
9. my $Lenths={};
   
10. my $Seqs={};
    
11. while(my $seq=$IN->next_seq){
    
12.         my $id=$seq->id;
    
13.         my $length=$seq->length;
    
14.         (my $new_id=$id)=~s/^([^\.]+)\..+$/$1/;
    
15.        
    
16.         if($Lenths->{$new_id}){
    
17.                 if($Lenths->{$new_id}<$length){
    
18.                         $Lenths->{$new_id}=$length;
    
19.                         $Seqs->{$new_id}=$seq;
    
20.                 }
    
21.         }else{
    
22.                 $Lenths->{$new_id}=$length;
    
23.                 $Seqs->{$new_id}=$seq;
    
24.         }
    
25. }
    
26. $IN->close();
    
27. 
    
28. my $OUT=Bio::SeqIO->new(-file=>">$Out",-format=>'fasta');
    
29. foreach my $id(sort keys %{$Seqs}){
    
30.         print "$id\n";
    
31.         $OUT->write_seq($Seqs->{$id});
    
32. }
    
33. $OUT->close();

复制代码

1. >qwer.1
   
2. AFRTYUIFGHJKLVBNM
   
3. >qwer.2
   
4. BVXNVFGSFYEBCSHB
   
5. >qwer.3
   
6. HDFKSHFGSERYFIEURHFSUFDSHVBSJEUABFUHABFCAHFBC
   
7. >rtyuip00.1
   
8. AFHBVSFHUACFKUSHDBAKFHAKUFHSADKFUA
   
9. >hhjkl.1
   
10. JDNVKHFBAKHFAKFAFJNSADFJAS
    
11. >hhjk.2
    
12. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
13. >hhjk.3
    
14. JNFAJNFALSDFLMAD
    
15. >hhjk.4
    
16. KJGSEGJOAKFFDSMFAPOKEF

复制代码

1. >hhjk.4
   
2. KJGSEGJOAKFFDSMFAPOKEF
   
3. >hhjkl.1
   
4. JDNVKHFBAKHFAKFAFJNSADFJAS
   
5. >qwer.3
   
6. HDFKSHFGSERYFIEURHFSUFDSHVBSJEUABFUHABFCAHFBC
   
7. >rtyuip00.1
   
8. AFHBVSFHUACFKUSHDBAKFHAKUFHSADKFUA
   

复制代码

另外，FASTA格式的文档，有规定格式：一、ID行：“>”（大于号）开头，后面根ID名称及各种注释信息，不可换行。二、数据行：单纯的核酸或氨基酸序列，可以单行也可多行。

b114213903

回复 8# super_two


    试试我用Bio::SeqIO模块的脚本！

super_two

1. qwer
   
2. AFRTYUIFGHJKLVBNM
   
3. qwer
   
4. AFRTYUIFGHJKLVBNM
   
5. qwer
   
6. HDFKSHFGSERYFIEURHFSUFDSHVBSJEUABFUHABFCAHFBC
   
7. qwer
   
8. AFHBVSFHUACFKUSHDBAKFHAKUFHSADKFUA
   
9. rtyuip00
   
10. AFHBVSFHUACFKUSHDBAKFHAKUFHSADKFUA
    
11. hhjkl
    
12. JDNVKHFBAKHFAKFAFJNSADFJAS
    
13. qwer
    
14. JDNVKHFBAKHFAKFAFJNSADFJAS
    
15. rtyuip00
    
16. JDNVKHFBAKHFAKFAFJNSADFJAS
    
17. hhjk
    
18. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
19. hhjkl
    
20. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
21. qwer
    
22. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
23. rtyuip00
    
24. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
25. hhjk
    
26. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
27. hhjkl
    
28. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
29. qwer
    
30. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
31. rtyuip00
    
32. HFSDHNFKANFAKFIJI
    
33. hhjk
    
34. KJGSEGJOAKFFDSMFAPOKEF
    
35. hhjkl
    
36. KJGSEGJOAKFFDSMFAPOKEF
    
37. qwer
    
38. KJGSEGJOAKFFDSMFAPOKEF
    
39. rtyuip00
    
40. KJGSEGJOAKFFDSMFAPOKEF
    
41. 运行之后ID的小数点以及他后面的数字没有了，结果如上

复制代码

回复 23# b114213903


   

b114213903

回复 24# super_two


    我的结果里面都有啊

MMMIX

回复 24# super_two


    你是修改过人家的脚本吧?

super_two

1. hhjk
   
2. hhjkl
   
3. qwer
   
4. rtyuip00
   
5. 
   
6. 
   
7. 昨天我的编辑器保存出错，我完全复制粘贴上去的结果

复制代码

回复 26# MMMIX


   

MMMIX

回复 27# super_two


    你读懂那个脚本了么? 懂了的话就不会有疑问了.

b114213903

回复 26# MMMIX


    应该是有修改过，因为我用来保存数据的哈希引用中，都是由新ID指向的原始读入的序列，不可能会造成数据差异。

MMMIX

回复 29# b114213903


    我觉得他是光看了脚本的输出, 但并没有检查脚本写入的文件.