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喔对 我的思路是这样的。
genome和protein的序列信息之前都是分别在一个文本文件中,于是我分别将它们分割了,每个序列独立一个文件,组成一个文件夹。
然后写了一个嵌套循环的脚本,想要将它们两两结合。
最后再写一个脚本来运行结合后的genome、protein,来运行prosplign。
附上我写的嵌套循环脚本(能运行,但是输出的文件是空的,T.T)
1 #!/usr/bin/perl
2 use strict;
3 use warnings;
4
5 my$nfainput=shift||die;
6 my$pfainput=shift||die;
7 my$output=shift||die;
8
9 open NFA,"<",$nfainput||die"$!\n";
10 open PFA,"<",$pfainput||die"$!\n";
11 my $i=1;
12 my @nfaa=<NFA>;
13 my @pfaa=<PFA>;
14 foreach my $nfa(@nfaa){
15 foreach my $pfa(@pfaa){
16 open OUTPUT,">",$output.'/'.$i;
17 print OUTPUT$_;
18 close OUTPUT;
19 $i++;
20 }
21 }
22 close (NFA);
23 close (PFA);
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