Use of uninitialized value in numeric lt

John_Blackman

这是71行的语句   for(my $pos0=1;$pos0<$chrlen{$chr};$pos0+=$sliding) {
一直提示 Use of uninitialized value in numeric lt (<) at correct_cal_diversity.pl line 71
这是什么意思？

zhlong8

提醒你 $chrlen{$chr} 返回值是 undef，这个键可能根本不存在，也有可能他的值本身就是 undef 不管哪个原因做数字比较都是不合理的

Use of uninitialized value at ... 这类警告都是 undef 值出现在了错误的位置（比如不该做数字运算，不该插入字符串，不该做比较），很可能是程序出 bug 了

John_Blackman

非常感谢您的回答！很奇怪的是用别人的数据能跑起来，而我的数据就老是报这个错误，可是两个数据类型几乎都是一样的。。。回复 2# zhlong8


   

xiaoxingan99

你print一下这个值就知道了哈，给你指出了你就要进行下一步，不用纠结错误

John_Blackman

回复 4# xiaoxingan99
您说的是什么意思？我完全小白一个。。。
$chrlen那一列是数字，是不是就像2楼说的一样，我给的数字不是数字？

   

zhlong8

出现这个警告100%是代码有缺陷，你需要一点点debug技巧，比如把这个 $chrlen{$chr} 给显示出来再查数据查代码。

我猜就是 $chr 不在 %chrlen 这个 hash 里面，是不是没有去掉尾部的换行符或空格？大小写没有统一？

xiaoxingan99

回复 5# John_Blackman


print   "--------$chrlen{$chr}------------\n";
这句你加到循环之前试试，看看能打印出东西么
如果你print也不知道的话，我还是建议你先看看perl教程，然后再搞程序，否则你得累死

John_Blackman

回复 7# xiaoxingan99
谢谢大家的回复，上午突然之间弄好了。是因为我的输入文件名有下划线_,我把其中的一段贴出来：
my $window=$opts{x};
my $sliding=$opts{s};  # ==chr_len
###my $chr=$opts{n};
my $prefix = $opts{o};
my $tag=$opts{m};

my %chrlen;
open IN,"$opts{l}" or die "the chr length file can't open!\n";
while(<IN> {
        chomp;
        #if(/$chr/){
                my @temp=split;       
                $chrlen{$temp[0]}=$temp[1];
        #}
}
close IN;

open SC,"$opts{c}" or die "The custom SNP file can't open!\n";
open SW,"$opts{w}" or die "The wild SNP file can't open!\n";
my ($nc,$nw,@t,@m);
@t=split /\t/,scalar <SC>;
$nc=$t[7]+$t[8];
seek SC,0,0;
@m=split /\t/,scalar <SW>;
$nw=$m[7]+$m[8];
seek SW,0,0;
my %SNP;
my ($SC,$SW,$pc,$pw);
while (<SC> {
        chomp;
        my @temp=(split /\t/,$_)[1,7,8,2,5,6,0];     # my ($pos,$nbase1,$nbase2,$ref,$base1,$base2,$chr)=(split /\t/,$_)[1,7,8,2,5,6,0];
        @{${$SNP{$temp[-1]}{$temp[0]}}[0]}=@temp;
}
close SC;

while (<SW> {
        chomp;
        my @tem=(split /\t/,$_)[1,7,8,2,5,6,0];
        @{${$SNP{$tem[-1]}{$tem[0]}}[1]}=@tem;
}
close SW;

open OUT,">$opts{o}.diversity" or die "the diversity result can't write!\n";
foreach my $chr (sort keys %SNP){
for(my $pos0=1;$pos0<$chrlen{$chr};$pos0+=$sliding) {
上面最后一行就是报错的地方，这是为什么呢？


   

xiaoxingan99

到底弄好了还是没弄好呢？
而且让你加上的那句你也没加啊
另外，如果你是要学perl的话，不建议你直接看这么繁琐的hash，水平有限，我也看晕了
如果你只是为了解决工作上的问题，等着有耐心的高手教你吧

John_Blackman

多谢回复，弄好了。其中一个输入文件名有下划线，结果就一直报错。不知道为什么。回复 9# xiaoxingan99