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披星戴月无悔

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1楼 [收藏(0)] [报告]
发表于 2014-05-21 20:31 |只看该作者 |倒序浏览
求大神帮写个perl脚本，
>lcl|NC_008531.1_cdsid_YP_817546.1 [gene=LEUM_0001] [protein=chromosomal replication initiator protein DnaA] [protein_id=YP_817546.1] [location=116..1462]
GTGACAAAACCAATAACCAAAGAAGAATTATGGTCAAAAGTGCAAGCCGAATTTTTTACCAAGCTCGGTC
GTGTTACTTTTTCCACCTATATAGAACCGCTAAAACCGCTGACACTAGGGGATACCAGTTTAACATTAGC
AGTACCAAGTGATATGGCACAAGATATCATTGATCAATGGGATAGTGAATACTCCATGGATTTTGTACAA
TTTGCCATGTCGATTGCTGATGGTTTTATTAAGCCCGACTTGCAAGTGGCCGAAGCAAAGCCTACCACTA
TACCAACTTTTTCAGATAATTTATCATTTACGCGCGAATCTGACTTAAATCCAGATTTTACTTTTGAAAA
ATTTGTTATCGGTTCAGGAAACGAAAATGCCTATGCTGTCGCGCGTGCAGTTGCTGATGAGCCTGGACAA
GTATACAATCCTTATTTAATTTATGGTGGGGTTGGTCTTGGGAAAACACATTTGATGCAAGCTATCGGCA
ACGCGTATGCTGTGTCGACGCCAAGCGCACACATCAAATACGCTACAGCTGAAGATTTTTTGAACGATTT
TACTGAATCTTTGCGCGCAGGGGATGGCGCTACAGCAGCTTTTAAGCAAGAATATCGTTCTGTTGACCTC
TTACTTGTTGATGACATCCAATTCTGGTCTGGAAAAGAAAAAGTTCAGGAAGAATTTTTCAATACTTTTA
ACGTTTTAACTAAAAATGGTAAACAAATCGTTATGACTTCAGATAAATTACCAACAGAGATTGTTGATCT
ACAAACACGATTAACATCACGTTTTGAAGCCGGCATTATGATGGATATTCAAAAACCTGATTTACCGACA
AGAGTAGCTATTCTACAAAATTTGTCTGAATCTGATGGCTTAGATATTCCTAACGATGTGTTAGAACTGA
TTGCCGAAAAAATTGATTCCAATGTGCGTAGCTTAGAAGGGGCGTTTCATAAGTTTGAAGCCAGCTTGCG
ATATATGAATAAACCGGCTACAAAAGAGACTGCTCAACAAATATTAGGTGATTTAAATATTAATCAAGGC
TTCAAGATCACTGTTGAGCGCATTCAACAGGTTGTGGCAGATTATTATATGCAAACTATTGATGATCTTA
AAAGTTCAAGTCGCAAAAAAGATCTTGTCACTGCACGGCATGTTGCTATGTATCTAACAAGAACGCTAAC
AAATGAAAGTTTGCCTGACATTGGCCGTTCATTTGGTGGGCGAGATCATTCTTCGGTACTACATGCCACG
ACCAAAATAACTGAAAAATCAGAGAGCGATTCGCGTACAAAGGAAATGTTGGACGCCCTAACTGATGAAA
TTAAACATGGCAAATAA
>lcl|NC_008531.1_cdsid_YP_817547.1 [gene=LEUM_0002] [protein=DNA polymerase III subunit beta] [protein_id=YP_817547.1] [location=1675..2811]
ATGCAATTTACAATTAACCGTTCAGCCTTTATTAAAGCACTCAATGATGTATCACGTGCTATTTCATCAC
GAACAACTATTCCAATTTTGACTAATATCAAATTAGTTTTAAATGATGAAGAATTAGTCCTTACTGGTTC
AAATGCAGATATTTCTATTGAAACAACTGTGCCACAATCAGATACTAGTGCCCAATTAATTATCACAACT
CCTGGTGGCATTACCTTACCGGCAACTTTCTTTATTAATATTGTTAAGCGCCTTCCTAATGATGCAATGA
CTCTTAATATTGAGGGCTTACGAGCTACTATTACATCTGGTGCCTCATCATTTACAATTAATGGACAAGA
CGTACAAAACTACCCACAATTACCAGAAATGGATGATGTGCAAAGTTTGAGTGTTTCTGCTGCGCAACTT
GTCGATATTATTTCGCAAACAAAAATTTCAGCTTCTACACAAGAAAGTCGACCAATTTTAACTGGGATAC
ATCTACAATTAACAGGAAATAGCGTGAAGGCAGTTACAACTGATTCTCATCGCTTATCCCAACGCATTGT
TCAACTAACAGGAACTGACGCCAACAATGTTGATGCAAATGTAATTATTCCAGCAAAATCTTTTAATGAA
TTACAAGCATTACTCGAGGGACAAGATCGTGTGGAAATCAAGTTTTCTACAAACCAAGCGGTGTTTGATT
TAGGACATACAACATTTTATTCACGTTTACTAGAGGGAAACTATCCTGAGACAGATCGTTTGATTCCCAC
GGAGAGCACGACACAAATCACAATTGAGGCAAGCTCATTACTGGGTGCAATTGATCGAGCAAGCTTACTG
AGTCACGAAAGTCGGAATAACGTTGTTCAATTGTCATTAAAAGCAGGGCGTGCAGTGTTAACCGGTACAT
CTCAAGAAGTTGGACAGGTGACCGAAGAGTTGAATGCCAATAGCATTGAAGGGGAGGACTTAGAAATCTC
TTTCAATCCGGATTACGTTCGTGATGCTTTGCGTATTTTTAATGGCAAGCGTGTAGATGTTAAATTTACA
AGTAATTTACGTCCGTTTACTTTGACACCTGAAGGAGAGACAGACAATAAACAATTACAACTCATAACAC
CAGTCCGCACGTTTTAA
..
我有这样的一些序列，想根据没段序列开头的[protein=chromosomal replication initiator protein DnaA] 进行分类输出，即把相同的protein输出到同一个文本里，我试了下没有写成功，求大神帮忙，小弟在这里谢过了
披星戴月无悔

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2楼 [报告]
发表于 2014-05-21 21:02 |只看该作者
自己顶起来
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
MMMIX

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程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-05 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-17 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-18 06:20:002015亚冠之阿尔艾因 日期:2015-09-18 10:35:08月度论坛发贴之星 日期:2015-09-30 22:25:002015亚冠之阿尔沙巴布 日期:2015-10-03 08:57:39程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-10-05 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-10-05 06:20:002015年亚冠纪念徽章 日期:2015-10-06 10:06:482015亚冠之塔什干棉农 日期:2015-10-19 19:43:35程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-10-21 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-14 06:20:00
3楼 [报告]
发表于 2014-05-21 21:17 |只看该作者
回复 2# 披星戴月无悔


    有这闲工夫你自己都写完了。
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披星戴月无悔

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4楼 [报告]
发表于 2014-05-21 21:32 |只看该作者
真不太会。。接触perl没多久 ，求帮忙回复 3# MMMIX


   
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披星戴月无悔

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5楼 [报告]
发表于 2014-05-22 08:34 |只看该作者
自己顶起来，求帮忙
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q1208c

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荣誉会员 日期:2011-11-23 16:44:17天秤座 日期:2014-08-26 16:18:20天秤座 日期:2014-08-29 10:12:18丑牛 日期:2014-08-29 16:06:45丑牛 日期:2014-09-03 10:28:58射手座 日期:2014-09-03 16:01:17寅虎 日期:2014-09-11 14:24:21天蝎座 日期:2014-09-17 08:33:55IT运维版块每日发帖之星 日期:2016-04-17 06:23:27操作系统版块每日发帖之星 日期:2016-04-18 06:20:00IT运维版块每日发帖之星 日期:2016-04-24 06:20:0015-16赛季CBA联赛之天津 日期:2016-05-06 12:46:59
6楼 [报告]
发表于 2014-05-22 08:35 |只看该作者
最近为啥这么多搞什么生物/化学的, 来perl版呢? 不会都是一个学校的吧?!

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skyyy90

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巨蟹座 日期:2014-05-21 16:42:40巳蛇 日期:2014-05-22 08:44:29
7楼 [报告]
发表于 2014-05-22 08:49 |只看该作者
回复 6# q1208c

是搞生物信息的，Perl是很好的工具:wink:
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skyyy90

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巨蟹座 日期:2014-05-21 16:42:40巳蛇 日期:2014-05-22 08:44:29
8楼 [报告]
发表于 2014-05-22 08:51 |只看该作者
回复 1# 披星戴月无悔


    什么样的protein算是一样的呢，看id么
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披星戴月无悔

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9楼 [报告]
发表于 2014-05-22 08:55 |只看该作者
不是的，根据protein=[]的那部分内容，求帮忙回复 8# skyyy90


   
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10楼 [报告]
发表于 2014-05-22 09:45 |只看该作者
披星戴月无悔 发表于 2014-05-21 21:32
真不太会。。接触perl没多久 ，求帮忙回复 3# MMMIX


不会学撒。你这样直接当伸手党，我只能说你是想让大伙帮你做作业。
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