如何在windows下借助cygwin运行targetP-plant

tempo8

项目需要：很多在线软件提供单机版，但是许多情况是LINUX平台，那么晕到死系统的菜鸟怎么倒腾呢？
为了预测plant蛋白质的亚细胞定位，下载了targetp-1[1].1b.Linux.tar，解压到C:\targetp-1.1，并且搭建了在 Windows 上提供一个完整的 UNIX shell【cygwin】。
问题1：怎么样RUN？ 运行cygwin, 输入$ cygpath -w /cygwin/c/targetp-1.1，转到targetp文件所在路径，targetp就在这个目录中，再按照targetp-1.1.readme说明文件，执行
./targetp -P test/one.fsa 结果：No such file or directory
以上输入有问题吗？我不确定targetp-1[1].1b.Linux能否在晕到死系统windows上跑起来！


问题2：怎么设置一些参数，从而实现targetP->plant model的预测呢？
在bin文件夹中有Plant模式，C:\targetp-1.1\bin\plantbin
都是一些.awk文件，请问怎么用呢？如何实现targetP->plant model的预测呢？
我用Edit+打开几个awk程序后查看了：
USAGE:gawk -f scripts/analys2data_A.awk -v w=100 -v name_file=results/name_file.$$
# results/5to1HOW_scores.$$ > results/HOWLIN_in.$$【怎么有个#符号？#开头的为注释行！可是个人认为上一行没有输出文件标示啊！那么这行是否连着上一行？为神马有个#符号？】

# USAGE paste howlin.result.$$.? | nawk -f howlin_ave_calc-4S.awk -v noofseq=$antal -v Pcut=# -v Tcut=# -v Scut=# -v Ocut=# （#可以改为数值吗？难道此处#为"number"的简称？？）

yinyuemi

回复 1# tempo8


    用ultraedit 或notepad 打开运行程序，一般在最开始，会有使用说明
   另，awk程序运行方式：awk -f script.awk

tempo8

谢谢楼上的天使！
我用Edit+打开啦！不过一头雾水！:wink:
不过第一个问题仍未解决！我不确定targetp-1[1].1b.Linux能否在晕到死系统上跑起来！

Edit+打开几个awk程序后
USAGE:gawk -f scripts/analys2data_A.awk -v w=100 -v name_file=results/name_file.$$
#                results/5to1HOW_scores.$$ > results/HOWLIN_in.$$【怎么有个#符号？是否连着上一行？】

# Usage: gawk -f combine.oe.ctp.awk > file-to-put-scores-in
# Outputs: (FILE file-to-put-scores-in)

# USAGE paste howlin.result.$$.? | nawk -f howlin_ave_calc-4S.awk -v noofseq=$antal -v Pcut=# -v Tcut=# -v Scut=# -v Ocut=# （#可以改为数值吗？）

active000

恩恩，支持一下

renxiao2003

学习。cygwin只是一个模拟器，但是功能不容忽视啊。

qwslzss

继续学习中！

shuijingzi11

路过看看，够乱的呀。。。

tempo8

自斟自饮！
灌倒发洪水！
狼友们来抗洪啊！
搬个沙发等大仙儿！

放狗搜~\(≧▽≦)/~

貌似可以解决第一个问题！

1.在WINDOW下调用CYGWIN：

1. 1 $curdir="c:\\cygwin";  
   
2. 
   
3. 2 chdir $curdir;  
   
4. 
   
5. 3 @files = glob($path);  
   
6. 
   
7. 4 foreach my $file (@files){  
   
8. 
   
9. 5 system("Cygwin.bat $file");  
   
10. 
    
11. 6 }
    

复制代码

2。在cygwin里进入其他路径，调用其他命令。

1. 01 $curdir="c:\\cygwin";  
   
2. 
   
3. 02 $cygwin_cmd1="cd ".$Project_LocalDisk."\n";  
   
4. 
   
5. 03 chdir $curdir;  
   
6. 
   
7. 04 #call cygwin  
   
8. 
   
9. 05   open(PRINTER, "| Cygwin.bat") or die "can't call cygwin: $!";  
   
10. 
    
11. 06 #run common build  
    
12. 
    
13. 07   print PRINTER "cd f:\n";  
    
14. 
    
15. 08   close(PRINTER) or die "cygwin/close failed: $?/$!";  
    

复制代码

接下来怎么办(⊙o⊙)？一头雾水！  

11 昂望大仙儿，搬个板凳请大仙儿来坐坐！！

tempo8

基于Cygwin实现生物信息学软件从Unix/Linux向Windows移植
张成岗,军事医学科学院放射医学研究所. 生物信息学(2003)
感觉捡了块宝，可是依然迷失方向！

yinyuemi

回复 9# tempo8


    不了解lz想实现什么，楼上代码看着像是perl的啊！
    另外，建议学习点unix基础知识，才是长久之计