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用变量和glob建新路径(求指导!!) [复制链接]

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1 [收藏(0)] [报告]
发表于 2013-06-16 13:22 |只看该作者 |倒序浏览
RT.
程序中的example是理应得到的数据。。。但是。
只有@rawReport的得到的是正确的数据。
@depthCoverage得到的数据是$projectDir的数据,即/if/Ttt/qa/table/ abcd2012_abc/。。
弄不懂是怎么回事。是我的glob用错了么???
求指导。


程序如下:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use File::Basename;

my($outlist,$samplelist)= @ARGV[0,1];
my ($depthCoverage,@rawReport,@depthCoverage,%hash);
open SPL,"<$samplelist" or die $!;
open OUT,">$outlist" or die $!;
while(<SPL>)
{
    chomp;

        #example:
        #table   abcd2012_abc       10      aaa-22     bbb   /share/qqq/  case    /if/Ttt/qa/table/ abcd2012_abc/sample.list
        my($leader,$projectid,$sampleName,$sampleLib,$poolingLib,$rawDir,$case_control,$path)=(split)[0,1,2,3,4,5,6,7];
        
        #example:
        #/share/qqq/bbb/120711_L8_aaa-22/120711_L8_aaa-22.report
        @rawReport=glob("$rawDir/*/$poolingLib/*_$sampleLib/*.report");

        #example:
        #/if/Ttt/qa/table/ abcd2012_abc/
        my $projectDir = dirname($path);       

        my $line=$. -1;

        #example:
        #/if/Ttt/qa/table/ abcd2012_abc/SP/10/depthCoverage.stat
            @depthCoverage=glob("$projectDir/SP/$sampleName/depthCoverage.stat");

        map {$hash{$_}=$depthCoverage[$line]} @rawReport;
}
close SPL;

foreach my $rawReport(sort keys %hash)
{
    #example:
    #bb/120711_L8_aaa-22/120711_L8_aaa-22.report=>/if/Ttt/qa/table/ abcd2012_abc/SP/10/depthCoverage.stat
    print "$rawReport=>$hash{$rawReport}\n";
}


       

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发表于 2013-06-16 13:32 |只看该作者
/$sampleName 有空格 么

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发表于 2013-06-16 16:32 |只看该作者
没有空格,有“-”~回复 2# gonedone


   
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