差异表达 ?

pitonas

@xiumu2280

@laputa73

@fender0107401

@q1208c

@afukada

@yinyuemi


在这文章中，一个句子我无法理解。 大牛, 帮忙指点一下, 举个栗子:
http://bbs.chinaunix.net/thread-4129808-1-1.html

1. 假设你挑选了R个差异表达的基因，其中有S个是真正有差异表达的，另外有V个其实是没有差异表达的

复制代码

大牛, 帮忙指点一下, 举个栗子:

举个栗子:
什么是 有差异表达 ?
什么是 没有差异表达 ?

xiumu2280

单纯解释 什么有表达量 什么没表达量的话  
生物学里有个RPKM值得概念
http://www.plob.org/2011/10/24/294.html

但是他这里所指的V是指的假阳性的序列····

所以你也可以看看p-value 和 q-value

0.05这个值就是行业里都这么规定 就 这么着了···

对这个我理解的也不是很明白··· 只能帮到这么多了

pitonas

{:2_175:}
大牛, 帮忙举个栗子: 不是生物学的

my @test_data = ( 0.0003, 0.0001, 0.02 );

哪一个 有差异表达 ?
哪一个 没有差异表达 ?

回复 2# xiumu2280


   

laputa73

不懂,这个是指的生物学属性吧

mcshell

LZ 又调皮了.....

pitonas

感激,  (⊙０⊙) ~  没看懂
{:2_172:}谢谢各位大牛

afukada

FDR是統計學上的方法

主要是用來量測偽陽性(false positive)的比率

假設某間汽車工廠要出廠1000輛同型號的車子

然後要檢測這些車子是不是有符合所訂定的汽油消耗

於是使用了某種觀測方法

結果得到其中有50輛車子不合格

所以我們可以得到有950輛車子是合格的

但是我們可以想像這種觀測方法可能有小缺陷

所以找到的50輛不合格車子中

可能有部分的車子其實是合格的(假設是2輛，也就是說有48輛是真的不合格的)

在這個例子裏面R就是50，S就是48，V就是2

---

而在前面所舉的生物的例子裡面

由於現在的轉錄體(transcriptom)研究

通常是比較同一個基因(gene)在兩種不同的條件(condition)下

表現量(expression)是否有明顯的差別

假設我們要比較吃過某種藥的老鼠是不是有某些基因的表現量比沒吃過藥的老鼠高

於是我們設計實驗

並且收集mRNA來做分析

假設老鼠一共有26000個基因(差不多)

我們一共找到有200個基因在吃藥老鼠的表現量比不吃藥老鼠高

如果其中我們找到的5個基因是偽陽性

那麼在這個例子裏面

R=200
S=195
V=5

所以你可以得到Q=V/R=5/200=0.025

當然在實際情況下

我們是沒有辦法得到偽陽性的數據

所以通常會用統計的方法來檢驗找出來的候選基因(candidate gene)是不是正確的

所以會去計算每個基因的FDR

然後再評斷這個基因是不是有表現差異

pitonas

{:2_172:}  膜拜大牛

{:2_172:}  谢谢了
回复 7# afukada