［求助］mysql菜鸟求助！表格间数据重叠计算问题

bmechuangye

如果数据库中的一个表A gene为

        chr11 5203271 5204877 NM_000518 0 -
        chr11 5210634 5212434 NM_000519 0 -
        chr11 5226077 5227663 NM_000559 0 -
        chr11 5226079 5232587 BC020719  0 -
        chr11 5230996 5232587 NM_000184 0 -

        第二个表为B repeats:

        chr11      5203895 5203991 L1MA6     500 +
        chr11      5204163 5204239 A-rich    219 +
        chr11      5211034 5211167 (CATATA)n 245 +
        chr11      5211642 5211673 AT_rich    24 +
        chr11      5226551 5226606 (CA)n     303 +
        chr11      5228782 5228825 (TTTTTG)n 208 +
        chr11      5229045 5229121 L1PA11    440 +
        chr11      5229133 5229319 MER41A   1106 +
        chr11      5229374 5229485 L2        244 -
        chr11      5229751 5230083 MLT1A     913 -
        chr11      5231469 5231526 (CA)n     330 +


请问在命令行下的mysql命令应怎样输入才能得到以下结果？非常感谢！

        结果为B repeat在 A gene中到覆盖密度:

        chr11 5203271 5204877 NM_000518 0 - 172   0.107098
        chr11 5210634 5212434 NM_000519 0 - 164   0.091111
        chr11 5226077 5227663 NM_000559 0 -  55   0.034678
        chr11 5226079 5232587 BC020719  0 - 860   0.132145
        chr11 5230996 5232587 NM_000184 0 -  57   0.035827

        例如,  以下为结果中的一行:

        chr11 5203271 5204877 NM_000518 0 - 172   0.107098

    这意味着 与repeats中的重叠的172 (红色标记)个碱基（见颜色标注坐标区间位置）占 区间 (chr11:5203271-5204877)的10.7% （红色标记）.

[ 本帖最后由 bmechuangye 于 2009-5-15 10:00 编辑 ]

bmechuangye

继续求助！

ws00377531

没看懂！ 新手解释一下啊

bmechuangye

不好意思，一开始没把问题讲明白，现在修改过来了，请各位帮忙。

cenalulu

如果B表中的数字范围一定被A表中某个范围完全包含时，sql还是比较简单的。
假设：第一个的表名叫a，第二个表的表名为b
a表各栏对应名称 name start end
b表各栏对应名称 name start end

select a.name ,a.start ,a.end , temp.span, temp.span/(a.end-a.start) as ratio from a  , (select a.start ,sum(b.end-b.start) as span from a,b where a.start < b.start and a.end > b.end) as temp;

bmechuangye

原帖由 cenalulu 于 2009-5-15 12:40 发表
如果B表中的数字范围一定被A表中某个范围完全包含时，sql还是比较简单的。
假设：第一个的表名叫a，第二个表的表名为b
a表各栏对应名称 name start end
b表各栏对应名称 name start end

select a.name ,a ...

非常感谢您的帮助！