新手求教

estbio

我想从文件A读取一行字符串去匹配文件B的每一行字符串,并计数
例:
文件A中:                                文件B中:
aaaaaa                                       >1
aaaaac                                        atgcaatatgctgatgggccattgatgat........
atgcta                                          >2
........                                             tttgatgctgatgctatgatagtcgtagt.......
                                                    >3
                                                     cccgatgatagtagattagatatgata......
                                                     >4
                                                     ..........

用文件A中的第一个字符串去匹配文件B中的每一行字符串,并计数共匹配到多少行,然后再读取文件A的第二个字符串去匹配文件B的每一行,并计数,依此类推,我是这么写的
open(FILEA, "char.txt") || die;
open(FILEB, "seq.fasta") || die;
open(FILEC, ">obs_seq.txt") || die;


while($line=<FILEA>){
        $num=0;
        chomp($line);
        while($seq=<FILEB>){       
                if($seq=~m/$line/i/g){
                        $num++;
                        }
                }
                print FILEC "$line: $num\n";
               
        }


close(FILEA);
close(FILEB);
close(FILEC);

运行后只匹配了文件A的第一个字符串,就没有执行下去了,如第一个是"aaaaaa",就只能找到有"aaaaaa"序列,第二个"aaaaac"的就不找了,如下面的结果:
aaaaaa: 616
aaaaac: 0
aaaaag: 0
aaaaat: 0
aaaaca: 0
aaaacc: 0
aaaacg: 0
aaaact: 0
aaaaga: 0
...
...

请高手指点一下,是哪不对,应该怎么写.谢谢!

sharewith

open(FILEB, "seq.fasta") || die;

这行的位置有问题，不应该在开始就打开，修改如下，将open FILEB 放到循环体内

  6 while($line=<FILEA>){
  7         $num=0;
  8         chomp($line);
  9         open(FILEB, "seq.fasta") || die;
10         while($seq=<FILEB>){        
11                 if($seq=~m/$line/ig){
12                         $num++;
13                 }
14         }
15         print FILEC "$line: $num\n";
16         close(FILEB);
17
18 }

estbio

确实是如此, 修改后运行正确, 非常的感谢!

paktc

我选择把内容存到数组中了

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl
   
3. open FA,"<a.x";
   
4. open FB,"<b.x";
   
5. chomp (@texta=<FA>);  #这个括号不能去
   
6. @textb=<FB>;
   
7. close FA;
   
8. close FB;
   
9. foreach $i (@texta) {
   
10.    $item{$i}=0;
    
11.    foreach $j (@textb) {
    
12.       if ($j=~/$i/) {$item{$i}+=1;}
    
13.    }
    
14.    print "$i , $item{$i}\n";
    
15. }
    

复制代码

hydRAnger

LZ作生物信息的吧？哈哈～

estbio

正是,兄台是同道中人?小弟刚入门还请多多指教

hydRAnger

回复 6# estbio
同是菜鸟，共勉共勉…~