对文本复杂排序，怎么解决？

nb509

有一个格式的数据文件，tab键隔开，现在要对第二列，和第三列排序，再写入另一个文件。先按第二列排序，在第二列的基础上，再按数字由大到小排第三列。搜索 试了很多方法都不行啊。

sort -k2,2 -k3,3 -n file1 > file2

数据：
1        chr1    1    75
1        chr2    2    45
1        chr3    3    75
2        chr3    5    55
2        chr2    4    75
1        chr4    1    45
2        chr1    2    75
1        chrM    4    75
1        chr2    15   45
1        chr2    35   75
1        chr3    68   75
2        chr4    15   45
1        chr1    5    75
1        chr1    8    75
1        chr2    3    75
1        chr1    11   45
2        chr3    5    75
1        chr1    12   75
2        chr4    45   45
1        chrM    3    75
2        chrM    3    45
1        chrM    18   75
1        chr3    12   75
1        chr2    15   75
结果：
1        chr1    1     75
1        chr1    2      45
1        chr1    3     75
2        chr1    5     55
2        chr1    9     75
1        chr1    12    45
2        chr1    21    75
1        chr1    42    75
1        chr2    1     45
1        chr2    5     75
1        chr2    16   75
2        chr2    25   45
......

challenge1984

# sort -k 2,2 -k 3,3nr cu.txt
1        chr1    12   75
1        chr1    11   45
1        chr1    8    75
1        chr1    5    75
2        chr1    2    75
1        chr1    1    75
1        chr2    35   75
1        chr2    15   45
1        chr2    15   75
2        chr2    4    75
1        chr2    3    75
1        chr2    2    45
1        chr3    68   75
1        chr3    12   75
2        chr3    5    55
2        chr3    5    75

nb509

谢谢，看来那几个参数的位置和空格都很重要啊。

yxlhit2010

[i=s] 本帖最后由 yxlhit2010 于 2010-12-25 10:39 编辑 [/i]

2楼给的方法对么？没感觉符合楼主的要求阿
我这里有个方法比较笨我写成了脚本。。。。
[code]#!/bin/bash
sort -k2 testfile| awk '{f=$2;print $0>f}'
for i in chr*
do
sort -n -k3 $i >>$$tmp
done
cat $$tmp
rm $$tmp
[/code]
怕误删除生成的chr1chr2chr3chrM文件，未填加删除语句楼主自行处理把

yxlhit2010

运行结果如下

1. 1        chr1    1    75
   
2. 2        chr1    2    75
   
3. 1        chr1    5    75
   
4. 1        chr1    8    75
   
5. 1        chr1    12   75
   
6. 1        chr2    2    45
   
7. 1        chr2    3    75
   
8. 2        chr2    4    75
   
9. 1        chr2    15   75
   
10. 1        chr2    35   75
    
11. 1        chr3    3    75
    
12. 2        chr3    5    55
    
13. 2        chr3    5    75
    
14. 1        chr3    68   75
    
15. 2        chr4    15   45
    
16. 2        chr4    45   45
    
17. 1        chrM    3    75
    
18. 2        chrM    3    45
    
19. 1        chrM    4    75
    

复制代码

challenge1984

回复 5# yxlhit2010


   原话: 先按第二列排序，在第二列的基础上，再按数字由大到小排第三列

   你看清楚了吗？

yxlhit2010

不好意思是我看错了，学习了，谢谢