新手提问

最爱在深秋

有两个文件

1.txt

CCG047372.1
CCG041592.1
CCG038341.2
CCG034905.1
CCG029888.1
CCG028745.1
CCG028144.1
CCG026722.1
CCG023765.1
CCG023764.1

2.xls

列一               列二   列三    列四     列五      列六    列七   列八         列九
C15543175       Cuff    mRNA    3       232     1000    +       .       ID=CCG000001.1;source_id=CUFF1.3153.1;
C15543175       Cuff    UTR_5   3       42      1000    +       .       Parent=CCG000001.1;support_id=CUFF1.3153.1;
C15543175       Cuff    CDS     43      228     1000    +       0       Parent=CCG000001.1;
C15543175       Cuff    UTR_3   229     232     1000    +       .       Parent=CCG000001.1;support_id=CUFF1.3153.1;
C15591027       Cuff    mRNA    1       247     1000    -       .       ID=CCG000002.1;source_id=CUFF1.4145.1;
C15591027       Cuff    UTR_5   177     247     1000    -       .       Parent=CCG000002.1;support_id=CUFF1.4145.1;
C15591027       Cuff    CDS     9       176     1000    -       0       Parent=CCG000002.1;
C15591027       Cuff    UTR_3   1       8       1000    -       .       Parent=CCG000002.1;support_id=CUFF1.4145.1;
C15619113       Cuff    mRNA    1       256     1000    +       .       ID=CCG000003.1;source_id=CUFF1.4807.1;
C15619113       Cuff    CDS     1       216     1000    +       0       Parent=CCG000003.1;
C15619113       Cuff    UTR_3   217     256     1000    +       .       Parent=CCG000003.1;support_id=CUFF1.4807.1;
C15639641       Cuff    mRNA    6       263     1000    -       .       ID=CCG000004.1;source_id=CUFF1.5315.1;
C15639641       Cuff    UTR_5   255     263     1000    -       .       Parent=CCG000004.1;support_id=CUFF1.5315.1;
C15639641       Cuff    CDS     6       254     1000    -       0       Parent=CCG000004.1;
C15659349       Cuff    mRNA    1       270     1000    +       .       ID=CCG000005.1;source_id=CUFF1.5781.1;
C15659349       Cuff    UTR_5   1       39      1000    +       .       Parent=CCG000005.1;support_id=CUFF1.5781.1;
C15659349       Cuff    CDS     40      189     1000    +       0       Parent=CCG000005.1;
C15659349       Cuff    UTR_3   190     270     1000    +       .       Parent=CCG000005.1;support_id=CUFF1.5781.1;
C15682137       Cuff    mRNA    1       275     1000    +       .       ID=CCG000006.1;source_id=CUFF1.6353.1;
C15682137       Cuff    UTR_5   1       7       1000    +       .       Parent=CCG000006.1;support_id=CUFF1.6353.1;
C15682137       Cuff    CDS     8       202     1000    +       0       Parent=CCG000006.1;
C15682137       Cuff    UTR_3   203     275     1000    +       .       Parent=CCG000006.1;support_id=CUFF1.6353.1;

文件1是基因ID
文件2是基因注释结果
如果文件1的ID和文件2列九的ID匹配并且列三是mRNA  的话，就输出列四、列五

输出格式为

基因ID 列四 列五

where27

回复 1# 最爱在深秋

1. awk -F'[ =;]+' 'NR==FNR{a[$0];next}$3=="mRNA"&&$9=="ID"&&($10 in a){print $10,$4,$5}' 1.txt 2.xls

复制代码

xinglu1983

awk 'NR==FNR{tmp[$1]++}$3=="mRNA"{for(i in tmp){if($9~"ID="i";")print i,$4,$5}}' 1.txt 2.xls

yinyuemi

1. awk 'NF==1{a[$1];next}{t=gensub(/.*ID=([^;]+);.*/,"\\1",1,$9);printf /mRNA/&&t in a?t FS $4 FS $5:""}' 1.TXT 2.TXT
   

复制代码

liion631818

1. 
   
2. awk  -F "[ =;]+" '
   
3. BEGIN{
   
4.         while (getline <"1.txt")
   
5.                 gene[$0]
   
6. }
   
7. {
   
8.         if(($10 in gene) && $3=="mRNA")
   
9.                 print $10, $4, $5
   
10. }
    
11. 
    
12.        
    
13. ' 2.xls
    

复制代码