求助

zhagnqiang829

序列格式为：  
rps-3
I001CATTTTAATAATTAGTTTTTATATCGTA
E001ACAACTTCCTGATGAAGGAGCTTGC
I001        30        ATTCGA        40        49
E001        44        AGTCGA        54        100
11                37
I002CATACTAATGAAATAAAATTATC
E002GCTACGGAGTTCTCCGTTTCATCATGGAGTCT
I002        1        CATACTAATA        18        98
E002        81        CGTGCTAAGA        100        100
20                37
rps-1
I001CATTGCAAAATAAAACAAAATATTAAG
E001GCAAGGAATGGTACGACATCAAG
I001        6        CAAAAT        29        82
E001        68        CAACAG        91        100
24                48
rps-4
I001CATTAATATTAAACATAAGAAAGATCAAAAC
E012CGTCGACGGAAAGGTCAGAACCTGCCATTCCG
I001        19        GCCCGATCTT        33        86
E012        9        GCCCGGTCAT        23        100
15                48
I002CATTCAAACGGATTTTCCGATTTCCT
E034TCTGACATCATCCACATCAAGGATTCTG
I002        67        ATTCCAAC        82        120
E034        10        ATCCACAT        25        100
16                35
要求：I00*开头的红色的那行序列满足3个条件：如果最后一个数字大于80且小于100；倒数第二个数大于20；
GC含量小于0.3（G和Ｃ出现的个数之和除以序列长度，如第一个红色序列，C和G总数为2，长度为6，所以2/6=0.33），
则输出符合条件的I00*开头绿色哪行序列。
结果为：
rps-1
I001CATTGCAAAATAAAACAAAATATTAAG

yestreenstars

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use warnings;
   
3. use strict;
   
4. use 5.010;
   
5. 
   
6. my @data = <DATA>;
   
7. 
   
8. while (@data) {
   
9.         our $title = shift @data if $data[0] =~ /r/;
   
10.         my @sub = splice @data, 0, 5;
    
11.         my @array = split /\s+/, $sub[2];
    
12.         if ( $array[-1] > 80 && $array[-1] < 100 && $array[-2] > 20 ) {
    
13.                 my $times;
    
14.                 $times++ while $array[2] =~ /G|C/g;
    
15.                 print $title, $sub[0] if $times / length($array[2]) < 0.3;
    
16.         }
    
17. }
    
18. 
    
19. __DATA__
    
20. rps-3
    
21. I001CATTTTAATAATTAGTTTTTATATCGTA
    
22. E001ACAACTTCCTGATGAAGGAGCTTGC
    
23. I001        30        ATTCGA        40        49
    
24. E001        44        AGTCGA        54        100
    
25. 11                37
    
26. I002CATACTAATGAAATAAAATTATC
    
27. E002GCTACGGAGTTCTCCGTTTCATCATGGAGTCT
    
28. I002        1        CATACTAATA        18        98
    
29. E002        81        CGTGCTAAGA        100        100
    
30. 20                37
    
31. rps-1
    
32. I001CATTGCAAAATAAAACAAAATATTAAG
    
33. E001GCAAGGAATGGTACGACATCAAG
    
34. I001        6        CAAAAT        29        82
    
35. E001        68        CAACAG        91        100
    
36. 24                48
    
37. rps-4
    
38. I001CATTAATATTAAACATAAGAAAGATCAAAAC
    
39. E012CGTCGACGGAAAGGTCAGAACCTGCCATTCCG
    
40. I001        19        GCCCGATCTT        33        86
    
41. E012        9        GCCCGGTCAT        23        100
    
42. 15                48
    
43. I002CATTCAAACGGATTTTCCGATTTCCT
    
44. E034TCTGACATCATCCACATCAAGGATTCTG
    
45. I002        67        ATTCCAAC        82        120
    
46. E034        10        ATCCACAT        25        100
    
47. 16                35

复制代码

zhagnqiang829

谢谢你的热心帮助，结果运行正确。
但运行大的文件时，还些小问题，主要是格式问题。所以我只把红色和绿色行的序列提出来，保持格式一致性（已处理）。
如果原文件里只有红色的和绿色的俩行，还是原问题的要求，该怎么修改代码。

序列格式为：
I001CATTTTAATAATTAGTTTTTATATCGTA
I001        30        ATTCGA        40        49
I002CATACTAATGAAATAAAATTATC
I002        1        CATACTAATA        18        98
I001CATTGCAAAATAAAACAAAATATTAAG
I001        6        CAAAAT        29        82
I001CATTAATATTAAACATAAGAAAGATCAAAAC
I001        19        GCCCGATCTT        33        86
I002CATTCAAACGGATTTTCCGATTTCCT
I002        67        ATTCCAAC        82        120

结果为：
I001CATTGCAAAATAAAACAAAATATTAAG
回复 2# yestreenstars


   

yestreenstars

回复 3# zhagnqiang829

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use warnings;
   
3. use strict;
   
4. use 5.010;
   
5. 
   
6. while (<DATA>) {
   
7.         my @array = split /\s+/, <DATA>;
   
8.         if ( $array[-1] > 80 && $array[-1] < 100 && $array[-2] > 20 ) {
   
9.                 my $times;
   
10.                 $times++ while $array[2] =~ /G|C/g;
    
11.                 print if $times / length($array[2]) < 0.3;
    
12.         }
    
13. }
    
14. 
    
15. __DATA__
    
16. I001CATTTTAATAATTAGTTTTTATATCGTA
    
17. I001        30        ATTCGA        40        49
    
18. I002CATACTAATGAAATAAAATTATC
    
19. I002        1        CATACTAATA        18        98
    
20. I001CATTGCAAAATAAAACAAAATATTAAG
    
21. I001        6        CAAAAT        29        82
    
22. I001CATTAATATTAAACATAAGAAAGATCAAAAC
    
23. I001        19        GCCCGATCTT        33        86
    
24. I002CATTCAAACGGATTTTCCGATTTCCT
    
25. I002        67        ATTCCAAC        82        120

复制代码

pitonas

{:2_172:} 小伙伴们, 这个简约时尚国际范。

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. 
   
3. while (<DATA>) {
   
4.     my ( $s, $n1, $n2 ) = ( split /\s+/, <DATA> )[ 2, 3, 4 ];
   
5.     next if $n1 < 20 or $n2 < 80 or $n2 > 100;
   
6.     print if map( /[GC]/g, $s ) / length $s < 0.3;
   
7. }
   
8. 
   
9. __DATA__
   
10. I001CATTTTAATAATTAGTTTTTATATCGTA
    
11. I001        30        ATTCGA        40        49
    
12. I002CATACTAATGAAATAAAATTATC
    
13. I002        1        CATACTAATA        18        98
    
14. I001CATTGCAAAATAAAACAAAATATTAAG
    
15. I001        6        CAAAAT        29        82
    
16. I001CATTAATATTAAACATAAGAAAGATCAAAAC
    
17. I001        19        GCCCGATCTT        33        86
    
18. I002CATTCAAACGGATTTTCCGATTTCCT
    
19. I002        67        ATTCCAAC        82        120
    

复制代码

回复 3# zhagnqiang829


   

zhagnqiang829

谢谢给位大神！！！！

xiumu2280

学习了~~ ·· 回复 5# pitonas


   

jzp520520

针对原问题的code,比较拙劣：my %h;
$/="rps-";
while (<DATA>) {
        my ($key) = /^(\d+)\n/;
        $key = "rps-"."$key";
        my (@k) = /(I\d+\w+)\n/g;
        my (@v) = /(I\d+\s+.*)\n/g;
        for my $i(0..$#k) {
                        $h{$key}{$k[$i]}=$v[$i];
                        my @str = split /\s+/,$v[$i];
                        if ($str[3]>20 and $str[4]<100 and $str[4]>80){
                        my $count = $str[2] =~ tr/GC/GC/;
                        print "$key\n$k[$i]\n" if $count/length($str[2])<0.3
                        }
        }
}

jzp520520

our  shift   splice  的组合亮瞎了我的双眼。赞！

pitonas

{:2_168:} 看得我都激动了...

回复 9# jzp520520