一个脚本，请大神帮忙看看是什么问题！

conan_swu

1. #!/usr/local/bin/perl -w
   
2. #This progrem transfer the BLAST result include the Query sites and Sbject sites to the excel file.
   
3. $vision="Vision: 2.0"; #nipx 2001-7-20
   
4. $vision="Vision: 3.0"; #nipx 2002-4-11
   
5. use Getopt::Std;
   
6. getopts "o:i:e:a:l:s:";
   
7. 
   
8. print "*************\n*$vision*\n*************\n";
   
9. if ((!defined $opt_i)|| (!defined $opt_o) ) {
   
10.         die "************************************************************************
    
11.         Usage:transferall.pl -i filename -o outfile.
    
12.           -h : help and usage.
    
13.           -v : vision.
    
14.           -e : expect value(default 10)
    
15.           -a : identity% (default 0)
    
16.           -l : alignment length (default 0)
    
17.           -s : score (default 0)
    
18. ************************************************************************\n";
    
19. }
    
20. $Expect = (defined $opt_e) ? $opt_e : 10;
    
21. $Length = (defined $opt_l) ? $opt_l : 0;
    
22. $Identity = (defined $opt_a) ? $opt_a : 0;
    
23. $Score = (defined $opt_s) ? $opt_s : 0;
    
24. open(Ofile,">$opt_o.ext");print "Running.....\n";
    
25. open (F,$opt_i) || die"can't open $opt_i:$!\n";
    
26. $i=$q=$s=$a=0;
    
27. printf Ofile "%8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %10s %8s %5s %8s %8s\n", "Letter","QueryX","QueryY","SbjctX", "SbjctY","Length","Score","E value","Overlap/total","Identity","Fram","Query name","Sbject Name";
    
28. while (<F>)
    
29. {
    
30.         if (/Query= (\S+)/)
    
31.         {
    
32.                 if($i==1)
    
33.                 {
    
34.                         #print Ofile "$query^$letter^Query:$qbegin----$qend^Sbject:$sbegin----$send^$name^$annotation^$length^$score^$expect^$identity^$over\n";
    
35.                         if($score >$Score && $expect<=$Expect && $over>=$Identity && $identity2 >= $Length)
    
36.                         {
    
37.                                 $ovalap_total = "$identity1/$identity2";
    
38.                                 printf Ofile "%8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %10s %8s %5s %8s %8s %20s\n",$letter,$qbegin,$qend,$sbegin,$send,$length,$score,$expect,$ovalap_total,$over,$fram,$query,$name,$annotation;
    
39.                         }
    
40.                         $i=$q=$s=0;
    
41.                         $query=$letter=$qbegin=$qend=$sbegin=$send=$name=$annotation=$length=$score=$expect=$identity=$over=0;
    
42.                 }
    
43.                 $query=$1;
    
44.         }
    
45.         elsif (/\((\S+)\s+letters\)/)
    
46.         {
    
47.                 $letter=$1;$letter=~s/,//;
    
48.         }
    
49.         elsif (/^>(\S*)\s+(.*)/)
    
50.         {
    
51.                 if($i==1)
    
52.                 {
    
53.                         if($score >$Score && $expect<=$Expect && $over>=$Identity && $identity2 >= $Length)
    
54.                         {
    
55.                                 $ovalap_total = "$identity1/$identity2";
    
56.                                 printf Ofile "%8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %10s %8s %5s %8s %8s %20s\n",$letter,$qbegin,$qend,$sbegin,$send,$length,$score,$expect,$ovalap_total,$over,$fram,$query,$name,$annotation;
    
57.                         }
    
58.                         $i=$q=$s=0;
    
59.                         $qbegin=$qend=$sbegin=$send=$name=$annotation=$length=$score=$expect=$identity=$over=0;
    
60.                 }
    
61.                 $name=$1;
    
62.                 $annotation=$2;
    
63.                 $a=1;
    
64.         }
    
65.         elsif (/Length = (\d+)/)
    
66.         {
    
67.                 $length=$1;
    
68.                 $a=0;
    
69.         }
    
70.         elsif ($a==1)
    
71.         {
    
72.                 chomp;
    
73.                 $annotation.=$_;
    
74.                 $annotation=~s/\s+/ /g;
    
75.         } #This sentence could get the very long annotation that is longer than one line;
    
76.         elsif (/Score = (.+) bits.+Expect\S* =\s+(\S+)\s*/)
    
77.         {
    
78.                 if($i==1)
    
79.                 {
    
80.                         if($score >$Score && $expect<=$Expect && $over>=$Identity && $identity2 >= $Length)
    
81.                         {
    
82.                                 $ovalap_total = "$identity1/$identity2";
    
83.                                 printf Ofile "%8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %10s %8s %5s %8s %8s %20s\n",$letter,$qbegin,$qend,$sbegin,$send,$length,$score,$expect,$ovalap_total,$over,$fram,$query,$name,$annotation;
    
84.                         }
    
85.                         $i=$q=$s=0;
    
86.                         $qbegin=$qend=$sbegin=$send=$score=$expect=$identity=$over=0;
    
87.                 }
    
88.         $score=$1;$expect=$2;$expect=~s/^e/1e/;
    
89.         }
    
90.         elsif (/Identities = (\d+)\/(\d+)\s+\((.{0,4})%\)/)
    
91.         {
    
92.                 $identity1=$1;
    
93.                 $identity2=$2;
    
94.                 $over=$3;
    
95.         }
    
96.         elsif (/Frame = (\S+)/)
    
97.         {
    
98.                 $fram = $1;
    
99.         }
    
100.         elsif (/Query\:\s+(\d+)\s+\S+\s+(\d+)/)
     
101.         {
     
102.                 if($q==0)
     
103.                 {
     
104.                         $qbegin=$1;
     
105.                 }
     
106.                 $qend=$2;
     
107.                 $q=1;
     
108.         }
     
109.         elsif (/Sbjct\:\s+(\d+)\s+\S+\s+(\d+)/)
     
110.         {
     
111.                 if($s==0)
     
112.                 {
     
113.                         $sbegin=$1;
     
114.                 }
     
115.                 $send=$2;
     
116.                 $s=$i=1;
     
117.         }
     
118. }
     
119. if(($score>$Score && $Expect<=$Expect && $over>=$Identity && $identity2 >= $Length)&&($i==1))
     
120. {
     
121.    $ovalap_total = "$identity1/$identity2";
     
122.         printf Ofile "%8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %8s %10s %8s %5s %8s %8s %20s\n",$letter,$qbegin,$qend,$sbegin,$send,$length,$score,$expect,$ovalap_total,$over,$fram,$query,$name,$annotation;
     
123. }
     
124. close(F);
     
125. close(Ofile);
     

复制代码

使用的时候会报错： use of uninitialized value $score in numeric gt (> at d:\perl\eblastp.pl line 119, <F> line 6389.

果断小白，不知道哪里的问题，跪求指点。

104359176

单独运行脚本，没发现什么问题，既然是命令行，在传入什么参数的时候，出的问题？

tmp

这事不好说啊,
可以在开头的某个地方写上$score = 0;就不会报错了,
但是未必合你的逻辑,

最好能在文件输入的文件里有匹配/Score = (.+) bits.+Expect\S* =\s+(\S+)\s*/的行数据.

而且119行业写错了$Expect<=$Expect (大小写)

jason680

0. always add below:
  use strict;
  use warnings;

1. don't use the same name for variable
Note: It's hard to check ...
   $score>$Score && $Expect<=$Expect

2. don't forget to use sub for subroutine