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标题: 求个一个perl程序，提取GO注释库里提取相应基因的GO号（求高手） [打印本页]

作者: aids260 时间: 2011-05-08 20:58
标题: 求个一个perl程序，提取GO注释库里提取相应基因的GO号（求高手）
本帖最后由 aids260 于 2011-05-08 20:59 编辑

BGIBMGA004936-PA GO:0005085 GO:0005622 GO:0051056 GO:0005515 GO:0007165 GO:0007264
BGIBMGA005113-PA GO:0008152 GO:0008415
BGIBMGA011416-PA GO:0003735 GO:0005622 GO:0005840 GO:0006412
BGIBMGA006470-PA GO:0016491
BGIBMGA000219-PA GO:0005622 GO:0043565
BGIBMGA012457-PA GO:0004984 GO:0005549 GO:0007608 GO:0016020
BGIBMGA006942-PA GO:0003676 GO:0005622 GO:0008270
BGIBMGA012123-PA GO:0003824 GO:0008152
BGIBMGA001976-PA GO:0018149
BGIBMGA010922-PA GO:0016021
BGIBMGA008727-PA GO:0005509 GO:0003824 GO:0008152
BGIBMGA009945-PA GO:0003676 GO:0005622 GO:0008270 GO:0005524 GO:0016887
BGIBMGA006678-PA GO:0003676 GO:0005622 GO:0008270 GO:0003735 GO:0005840 GO:0006412
BGIBMGA010701-PA GO:0006812 GO:0008324 GO:0016020
BGIBMGA008436-PA GO:0003779 GO:0017048 GO:0030036 GO:0016043
BGIBMGA008910-PA GO:0004180 GO:0006508 GO:0004182

以上是我的GO 库的数据格式

我如果有以下这些基因名，就把GO库的相应信息提取出来，如果GO库里没有相应的基因名，就直接为空就可以（比如说BGIBMGA012345-PA）！

BGIBMGA006942-PA
BGIBMGA012123-PA
BGIBMGA001976-PA
BGIBMGA010922-PA
BGIBMGA009945-PA
BGIBMGA012345-PA

提取的GO 号
BGIBMGA006942-PA GO:0003676 GO:0005622 GO:0008270
BGIBMGA012123-PA GO:0003824 GO:0008152
BGIBMGA001976-PA GO:0018149
BGIBMGA010922-PA GO:0016021
BGIBMGA009945-PA GO:0003676 GO:0005622 GO:0008270 GO:0005524 GO:0016887
BGIBMGA012345-PA

作者: aids260 时间: 2011-05-08 21:13
顶一个！

作者: aids260 时间: 2011-05-08 21:15
求高手速来围观啊

作者: zhlong8 时间: 2011-05-08 21:53
你这个 GO 库文件有多大啊，不是很大的话用个 hash 就行了。悬赏太不给力了，好歹弄个两位数啊

作者: chenhao392 时间: 2011-05-09 08:37
回复 4# zhlong8

同意...楼主老让别人给楼主打工，别人也要工作啊...

作者: leigh111 时间: 2011-05-09 09:34
open (FH,'gene.txt') || die "$!";
open (IN,'go.txt') || die "$!";
my %seq;
while (<FH>) {
   chomp;
   if (/^BGIBMGA\d+\-PA/) {
      $seq{$&} = $_;
   }
}
close FH;

while (<IN>) {
chomp;
if (exists $seq{$_}) {
   print "$seq{$_}\n";
}
else {
   print "$_\n";
}
}
close IN;

作者: kingwmj 时间: 2011-05-09 10:05

回复 zhlong8

同意...楼主老让别人给楼主打工，别人也要工作啊...
chenhao392 发表于 2011-05-09 08:37

同意。楼主应该自己先写一个程序，哪怕是错误一大堆呢。然后别人给你改一下。这样你自己也有提高，别人的帮助也有价值。现在你是求现成的程序，处理完了就不用了，你自己没有任何提高。别人的帮助也没有什么价值。
我知道你很忙，可时间总是能挤出来的。
其实你求的程序对于我来说可能有点难，但是对于版上的众多高手来说根本不算什么。他们不愿帮你的原因可能也在这里。

作者: lynncate 时间: 2011-05-09 10:08
我自己乱写的，呵呵，看看可以不？里面那个GO是你的那个文本文件。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use 5.010;

say "Enter you GO's name here: ";
chomp(my $go_name = <STDIN>

;
my $file = "/root/perl/GO";
my @temp;
my %ghash;
open(GO,"<","$file"

|| die "Can't open target files

!\n";
while (<GO>

{
@temp = split(" ",$_);
print if /\b$go_name\b/;

}

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