谁能提供几个关于perl 生物基因方面的经典案例啊？

dahe_1984

RT。

下周回来个小姑娘面试，生物基因方面我也不懂，谁能提供几个？

Thanks

Sapien

曾经做过这方面的东西，想到以下几点：
1. 用 Perl 分析生物学数据，比如 DNA 或者蛋白质序列、基因芯片数据等。最简单的像求互补序列，统计各种碱基/氨基酸所占比例，找序列片段在原序列中的位置等。高级一点的像分析序列聚类树结构、基因调控网络、芯片中的差异表达基因等。BioPerl 提供了很多这方面的模块。
2. 用 Perl 和公共数据库交互。批量获取 NCBI/EMBL 公共数据库中的数据，提取数据中有用的信息等。
3. 用 Perl 跑程序。一个任务通常需要用到好多个生物学软件（像 BLAST 这种计算密集型的是不可能用 Perl 来实现的），怎样用 Perl 充当胶水把这些程序串起来？这些软件有的是本地的，有的是在线的，对于在线的程序，要用到 Perl 的表单提交功能（我曾经多次帮同学写过表单提交的程序）。

zhshb8511

Perl实例精解 上有几个例子

dahe_1984

perl在生物学或者生物信息学中的应用，主要的就是bioperl

就是这部分

dahe_1984

如何识别地沟油，如何分辨三聚氰胺的奶粉，如何判断致癌添加剂等等
Perlvim 发表于 2011-09-16 17:18

    我国七部门攻关地沟油鉴别法(高清组图)
   http://roll.sohu.com/20110919/n319835413.shtml

中学生发明简易地沟油识别法-长春男性健康
http://www.dbnkw.com/nanxingjian ... gchangshi/7444.html


提起地沟油我就来气，我们纳税人花了那么多钱养了一堆不作为的狗头王八蛋部门，难怪当年我们被叫做东亚病夫，吃的东西就没干净的。

dahe_1984

可能我没表述清楚，是我考别人，随便弄点简单的，主要是看看她对自己做的工作掌握了没有。不是我要学习BIO， 呵呵

gaoyang636

我也来凑个热闹
利用perl实现：序列的过滤(提供filter序列文件)，批量BLAST，多序列比对，寻找特异序列(NLS等)，求反补序列…… 不过貌似其实都是现成的模块，我也没参加过这类考试，作为考试题适不适合还得请楼主决定

longbow0

我的做法是，先用EMBOSS needle作两条序列的全局比对，然后再按需求用BioPerl选择或分析感兴趣的位点。

kingwmj

bioperl 能做pdb数据库和uniprot数据库中蛋白质残基的位点对应吗?
我每次遇到这个问题都很头大.

zhlong8

上面这个才是专家

longbow0

Perl在生物方面的应用主要就是BioPerl。

比如怎样用bioperl解析GenBank文件，解析BLAST结果等等，都是非常常见的应用方面。

还可以看看这两本书：Beginning Perl for Bioinformatics 和 Mastering Perl for Bioinformatics，不过内容比较早。