求教如何快速截取一个较长序列中的几段序列

feiyue0908

假设已知一个数组@allcdss=(2,8,12,16,18,25,28,35)；
已知一个文件，（只是举例，这个文件大约有上亿个字母），如下：
>chr5
AGAACAATATCTCTGATGAACATAGATGCAAAAATCCTCAACAACATACTAGCTAAATAATCCAACAACT
CATCAAAAGGATAATACACCATGATCAAGTGGGTTCATCCTAGAGATGCAGGGATGGTTTAACACATGCA
AGTCAATAAATATGATACATCACATAAACGGAATTAAAACAAAAACCACATGATCATCTCAATAGATGCA
GGAAAAGCATTTGATAAAATCTAGCAGCCCTTTATGATAAAACCCCTCAAGAAACTAGGTAAAGAAGGGG



想要的结果是根据数组内的值，截取中间的序列。2-8， 12-16， 18-25， 28-35,共四段，然后连接起来，
预计结果是GAACAATTCTGAGAACATAGGCAAAAAT



我用bioperl写过程序，把这个大文件读入就需要一个小时，要处理的数组和文件都多，这样耗费时间不大现实。
求教快速的方法，非常感谢

feiyue0908

回复 3# zhlong8


    上面的例子肯定很快就运行完，但完整的文件有1亿多个字母，用bioperl读入这个fasta文件就需要很长时间的。