20积分悬赏，求个perl程序，新手，写了好几个都无果。

yanglc2013

回复 42# picbhan

大哥，其实是这样的，lnc中每个区间都要单独和ref中的区间比较，每一个染色体（比如lnc-HES5-1:2        chr3        14 100        -），它和NM_016505        chr3        50 128        +        827是overlap的，但是它和NR_026818        chr3        110 150        -        585却是non_include，所以输出的non_include文件中应该也包含lnc-HES5-1:2        chr3        14 100        - 啊。（就是lnc中同一个区间，他可能有很多种情况，都要分别输出。这也没有考虑正负链啊）

yanglc2013

回复 42# picbhan
我意思是对每种情况都输出啊。就是一个region，它可能是contain，可能是gapped，可能是overlap也可能lnc包含ref，如果这四种情况都存在，那么输出的四个文件中，都要包含这个region。大哥，真抱歉啊，我没表达清楚。你那个程序，我还没研究透，不是很会改你的程序。还是会出错。


   

yanglc2013

回复 47# rubyish
不是啊，输出的是lnc中的数据。（比如lnc-HES5-1:2        chr3        14 100        -）中的 [14,100]这个区间和ref中的（NM_016505        chr3        50 128        +        827
）中的[50,128]这个区间比较，它们有一个相交的区间[50,100]，所以在overlap文件中输出。如果和（NR_026818        chr3        110 150        -        585）比较，即区间[110,150]，没有公共部分，就输出到文件gapped。如果和（NR_026835        chr3        12 150        -        586）比较，lnc包含在ref区间中，输出到contain中，如果反过来，ref包含在lnc中，就输出到reserve文件中，输出的文件都是（lnc-HES5-1:2        chr3        14 100        -），如果四种情况都存在，那么，输出的四个文件中，都应该有（lnc-HES5-1:2        chr3        14 100        -）
   

yanglc2013

回复 51# picbhan

不会出现这样情况的。因为ref中每个染色体，比如很多chr1都是来源于有一个DNA，这样发生的剪切，如果存在contain，那么另一种情况只能是gapped。


   

yanglc2013

回复 51# picbhan

大哥，还有个问题请教你。
如果我想在输出的结果中的结果中，同时加上对应的ref中的数据，比如。
lnc-C1orf227-1:2        chr1        213028819        213031452        -    NM_014053        chr1        213031596        213072705        +        2210

应该怎么修改print。

现在输出的结果形式如下：
lnc-C1orf227-1:2        chr1        213028819        213031452        -


   

yanglc2013

回复 2# picbhan

谢谢啊，你的程序非常好用。还有个难题想请教你，我也写了几个，一塌糊涂啊。

难题.rar (1.89 MB, 下载次数: 9)

2013-04-08 19:16 上传

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