用perl做远程生物数据库信息提取的问题

biojamie

回复 8# b114213903


    是的，我现在下载，有时下200多条就中断，有时下10多条就中断，如果没有找到好途径，不得不用最笨的方法，一点一点拼接起来，我现在就是这么做的，囧

b114213903

回复 12# biojamie


    在BioPerl的帮助文档里，有一个关于这个问题的说明！似乎是可以用 “Bio::DB::Query::GenBank”模块，仔细看一下吧！

b114213903

回复 1# biojamie


   正在测试中，等下如果能顺利结束，就共享代码！



由于中间没有写错误处理代码，中间遇到错误失败了！


到GeneBank网站核实了一下，NM_001013674.1 这条记录已经从数据库删除了，因此会报错。

biojamie

回复 14# b114213903


    怎样写错误代码，如果出现连接超时，或者像你遇到的那种情况，就直接跳到下一条序列？如果成功的话分享下哈！

dahe_1984

这个模块 Bio:B::GeneBank你是如何 怎么安装上的?

b114213903

回复 16# dahe_1984



    这个专门做生物的一个Perl模块包（BioPerl）中的一个模块，具体的可以看BioPerl网站，希望大侠能一起研究下。

dahe_1984

biojamie 发表于 2013-04-09 19:37
回复 14# b114213903

$seq_obj=$db_obj->get_Seq_by_id($var); 应该是这里，先判断是否成功，成功继续输出；不成功把$var记录下来，然后手工看看是否这个记录真的不存在。

dahe_1984

貌似是你的机器网络问题，我在虚拟机的ubuntu上跑了半小时了，还没断呢

biojamie

回复 19# dahe_1984

   呵呵。。。我刚刚找到了之前安装bioperl的指南和使用手册，没想到你已经跑了那么久，还是传上来吧！希望千万别断，能跑完或者跑一部分，都传给我吧，谢啦！:wink:

bioperl的安装和使用.zip (1.37 MB, 下载次数: 1)

2013-04-10 10:33 上传

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