求一个聚类的perl程序

xiumu2280

只用1 比较 2-15
不用2 比较 3-15嘛？

xiumu2280

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. use Data::Dumper;
   
5. 
   
6. 
   
7. my %hash_gene = map {chomp;(split)[1,0]}<DATA>;
   
8. open (IN,"C:\\Users\\yy\\Desktop\\pearson_cor.txt");
   
9. my %hash_new;
   
10. while (<IN>) {
    
11.         chomp;
    
12.         my @data = split;
    
13.         map {my $key1 = $_;map {push @{$hash_new{$key1}},$_."_".$hash_gene{$_}}@data}@data if @hash_gene{@data};
    
14. }
    
15. ############
    
16. foreach my $key (keys %hash_new) {
    
17.         my %hash_uniq;
    
18.         @hash_uniq{@{$hash_new{$key}}}=1;
    
19.         my @data = sort {$a->[1] <=> $b->[1]}map {[(split /_/)[0],(split /_/)[1]]}keys %hash_uniq;
    
20.         print "~~~~~~\n";
    
21.         print "$data[0][0]\t$data[0][1]\n";
    
22.         map {@data[$_,$_+1] && ($data[$_+1][1]-$data[$_][1]) <= 3 && print "$data[$_+1][0]\t$data[$_+1][1]\n"}(0..$#data);
    
23. }
    
24. 
    
25. 
    
26. __DATA__
    
27. 1   ENSG00000186891
    
28. 2   ENSG00000186092
    
29. 3   ENSG00000235249
    
30. 4   ENSG00000187634
    
31. 5   ENSG00000268179
    
32. 6   ENSG00000188976
    
33. 7   ENSG00000187961
    
34. 8   ENSG00000187583
    
35. 9   ENSG00000187642
    
36. 10  ENSG00000188290
    
37. 11  ENSG00000187608
    
38. 12  ENSG00000188157
    
39. 13  ENSG00000237330
    
40. 14  ENSG00000131591
    
41. 15  ENSG00000162571
    

复制代码

1. ~~~~~~
   
2. ENSG00000186092 2
   
3. ENSG00000268179 5
   
4. ~~~~~~
   
5. ENSG00000187961 7
   
6. ENSG00000188290 10
   
7. ~~~~~~
   
8. ENSG00000186092 2
   
9. ENSG00000235249 3
   
10. ENSG00000187634 4
    
11. ENSG00000268179 5
    
12. ~~~~~~
    
13. ENSG00000187961 7
    
14. ENSG00000187642 9
    
15. ENSG00000188290 10
    
16. ~~~~~~
    
17. ENSG00000186092 2
    
18. ENSG00000187634 4
    
19. ~~~~~~
    
20. ENSG00000186092 2
    
21. ENSG00000235249 3
    
22. ~~~~~~
    
23. ENSG00000187961 7
    
24. ENSG00000187642 9

复制代码

xiumu2280

大神，这是我写的啊 {:2_171:} 回复 4# jzp520520


   

xiumu2280

这个是哈希切片的写法  回复 6# jzp520520


   

xiumu2280

感谢大神解答··· 讲解的太透彻了
自己忽略好多
回复 11# rubyish


   

xiumu2280

好的，我改改看，逻辑这样看来似乎有问题了回复 12# tanger_009


   

xiumu2280

你看rubyish的解释···
那个很透彻
if @hash_gene{@data}效果是 defined $hash_gene{$data[0]} && defined $hash_gene{$data[1]}
回复 8# jzp520520


   

xiumu2280

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. use Data::Dumper;
   
5. 
   
6. my %hash_gene = map {chomp;(split)[1,0]}<DATA>;
   
7. open (IN,"C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\test\\2014_1_18\\pearson_cor.txt");
   
8. my %hash_new;
   
9. while (<IN>) {
   
10.         chomp;
    
11.         my @data = split;
    
12.         map {my $key1 = $_;map {push @{$hash_new{$key1}},$_."_".$hash_gene{$_}}@data}@data if exists $hash_gene{$data[0]} && exists $hash_gene{$data[1]};
    
13. }
    
14. my @array_new;
    
15. map {my %hash;
    
16.         my $key1 = $_;
    
17.         my @datayy;
    
18.         @hash{@{$hash_new{$key1}}}=1;
    
19.         map {%hash ~~ @{$hash_new{$_}} && push @datayy,$_}keys %hash_new;
    
20.         push @array_new,[@datayy];
    
21.         }keys %hash_new;
    
22. my %hash_jon;
    
23. map {my $line = $_;my $new = join "_",sort @$line;$hash_jon{$new}=1}@array_new;
    
24. ############
    
25. foreach my $key (keys %hash_jon) {
    
26.                 my @data1 = split /_/,$key;
    
27.         my @data = sort {$a->[1] <=> $b->[1]}map {[$_,$hash_gene{$_}]}@data1;
    
28.         print "~~~~~~\n";
    
29.         ($data[1][1]-$data[0][1]) <= 3 && print "$data[0][0]\t$data[0][1]\n";
    
30.         map {@data[$_,$_+1] && ($data[$_+1][1]-$data[$_][1]) <= 3 && print "$data[$_+1][0]\t$data[$_+1][1]\n"}(0..$#data);
    
31. }
    
32. 
    
33. 
    
34. __DATA__
    
35. 1   ENSG00000186891
    
36. 2   ENSG00000186092
    
37. 3   ENSG00000235249
    
38. 4   ENSG00000187634
    
39. 5   ENSG00000268179
    
40. 6   ENSG00000188976
    
41. 7   ENSG00000187961
    
42. 8   ENSG00000187583
    
43. 9   ENSG00000187642
    
44. 10  ENSG00000188290
    
45. 11  ENSG00000187608
    
46. 12  ENSG00000188157
    
47. 13  ENSG00000237330
    
48. 14  ENSG00000131591
    
49. 15  ENSG00000162571

复制代码

1. ~~~~~~
   
2. ENSG00000187961 7
   
3. ENSG00000187642 9
   
4. ENSG00000188290 10
   
5. ~~~~~~
   
6. ENSG00000186092 2
   
7. ENSG00000235249 3
   
8. ENSG00000187634 4
   
9. ENSG00000268179 5

复制代码

楼主~程序还是有问题
当2和9有关联的这种情况下，无法去冗余
好纠结
可能是我想的复杂了，或者跳进自己固化的模式出不来。
代码又复杂，又麻烦。

可能过段时间会有别的想法···

期待大神

xiumu2280

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. use Data::Dumper;
   
5. 
   
6. my %hash_gene = map {chomp;(split)[1,0]}<DATA>;
   
7. open (IN,"C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\test\\2014_1_18\\pearson_cor.txt");
   
8. my %hash_new;
   
9. while (<IN>) {
   
10.         chomp;
    
11.         my @data = split;
    
12.         map {my $key1 = $_;map {push @{$hash_new{$key1}},$_."_".$hash_gene{$_}}@data}@data if exists $hash_gene{$data[0]} && exists $hash_gene{$data[1]};
    
13. }
    
14. my @array_new;
    
15. map {my %hash;
    
16.         my $key1 = $_;
    
17.         my @datayy;
    
18.         @hash{@{$hash_new{$key1}}}=1;
    
19.         map {%hash ~~ @{$hash_new{$_}} && push @datayy,$_}keys %hash_new;
    
20.         push @array_new,[@datayy];
    
21.         }keys %hash_new;
    
22. my %hash_jon;
    
23. map {my $line = $_;my $new = join "_",sort @$line;$hash_jon{$new}=1}@array_new;
    
24. ############
    
25. foreach my $key (keys %hash_jon) {
    
26.                 my @data1 = split /_/,$key;
    
27.         my @data = sort {$a->[1] <=> $b->[1]}map {[$_,$hash_gene{$_}]}@data1;
    
28.         print "~~~~~~\n";
    
29.         ($data[1][1]-$data[0][1]) <= 3 && print "$data[0][0]\t$data[0][1]\n";
    
30.         map {@data[$_,$_+1] && ($data[$_+1][1]-$data[$_][1]) <= 3 && print "$data[$_+1][0]\t$data[$_+1][1]\n"}(0..$#data);
    
31. }
    
32. 
    
33. 
    
34. __DATA__
    
35. 1   ENSG00000186891
    
36. 2   ENSG00000186092
    
37. 3   ENSG00000235249
    
38. 4   ENSG00000187634
    
39. 5   ENSG00000268179
    
40. 6   ENSG00000188976
    
41. 7   ENSG00000187961
    
42. 8   ENSG00000187583
    
43. 9   ENSG00000187642
    
44. 10  ENSG00000188290
    
45. 11  ENSG00000187608
    
46. 12  ENSG00000188157
    
47. 13  ENSG00000237330
    
48. 14  ENSG00000131591
    
49. 15  ENSG00000162571

复制代码

1. ~~~~~~
   
2. ENSG00000187961 7
   
3. ENSG00000187642 9
   
4. ENSG00000188290 10
   
5. ~~~~~~
   
6. ENSG00000186092 2
   
7. ENSG00000235249 3
   
8. ENSG00000187634 4
   
9. ENSG00000268179 5

复制代码

楼主~程序还是有问题
当2和9有关联的这种情况下，无法去冗余
好纠结
可能是我想的复杂了，或者跳进自己固化的模式出不来。
代码又复杂，又麻烦。

可能过段时间会有别的想法···

期待大神