【问题】对N个相似文本进行计算分析？5000积分求解决~

pitonas

这个问题, 我不放弃 ~ {:2_172:}
基本完成
~ {:2_168:}

• 使用猫 (cat)
• 我不知道 flag 这个计算规则，所以我用我的规则
• 在第 40 行有一个错误
  

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use 5.010;
   
3. 
   
4. my @txt = qw/1.txt 2.txt/;          # glob or ...
   
5. my @tmp = map { "$_.tmp" } @txt;    # tmp files
   
6. my ( $fh, @fh ) = map { open my $f, '<', $_; $f } @txt;
   
7. my @write_fh    = map { open my $f, '>', $_; $f } @tmp;
   
8. my ( $CHR, $BEGIN );
   
9. 
   
10. while (<$fh>) {
    
11.     ( $CHR, $BEGIN ) = (split)[ 3, 4 ];
    
12.     my @pos   = [ split /\s/, <$fh> ];
    
13.     my $index = $#{ $pos[0] };
    
14. 
    
15.     for my $f (@fh) {
    
16.         readline $f;
    
17.         push @pos, [ split /\s/, <$f> ];
    
18.     }
    
19. 
    
20.     my @ave = map {
    
21.         my ( $i, $sum ) = $_;
    
22.         $sum += $pos[$_][$i] for 0 .. $#pos;
    
23.         $sum / @pos;
    
24.     } 0 .. $#{ $pos[0] };
    
25. 
    
26.     for my $i ( 0 .. $#pos ) {
    
27.         my @flag = map {
    
28.             my $F = $pos[$i][$_] / ( $ave[$_] || 1 );
    
29.             [ $F = $F <= 0.3 ? 0 : $F > 0.6 ? 2 : 1, 1 ];
    
30.         } 0 .. $index;
    
31. 
    
32.         separate( $i, @flag );
    
33.     }
    
34. }
    
35. 
    
36. sub separate {
    
37.     my $index = shift;
    
38.     my @flag = ( [], [], [] );
    
39. 
    
40.     for my $f ( 1 .. 3 ) {
    
41.         for ( my $i = 0 ; $i <= $#_ - 4 ; $i++ ) {
    
42.             next if $_[$i][0] ne $f;
    
43.             $i += 7 and next if !$_[ $i + 2 ][1];
    
44.             my $end  = $i + 4;
    
45.             my $zero = 0;
    
46.             for my $x ( reverse $end - 1 .. $end ) {
    
47.                 $_[$x][1] ? last : $zero++;
    
48.             }
    
49. 
    
50.             my $count = grep { $_[$_][0] == $f } $i .. $end - $zero;
    
51.             next if $count < 3;
    
52.             @{ $_[$_] } = ( $f, 0 ) for $i .. $end - $zero;
    
53.             $i += 4 + $zero ? 5 - $zero : 0;
    
54.         }
    
55.     }
    
56. 
    
57.     for my $i ( 0 .. $#_ ) {
    
58.         !$flag[ $_[$i][0] ][0] || ( $i - $flag[ $_[$i][0] ][-1][-1] != 1 )
    
59.           ? push @{ $flag[ $_[$i][0] ] }, [$i]
    
60.           : ( $flag[ $_[$i][0] ][-1][1] = $i );
    
61.     }
    
62.     my $i;
    
63.     for my $f (@flag) {
    
64.         $i++;
    
65.         for my $range (@$f) {
    
66.             @$range <= 1 || $range->[1] - $range->[0] < 2 and next;
    
67.             my $range = join '-', map { $_ + $BEGIN } @$range;
    
68.             say { $write_fh[$index] } "$txt[$index]\t$CHR\t$range\tf$i";
    
69.         }
    
70.     }
    
71. }
    
72. 
    
73. close $_ for @write_fh;
    
74. `cat @tmp > result.txt`;    # cat
    
75. 
    
76. __DATA__
    
77.     ~ 0.3
    
78. 0.3 ~ 0.6
    
79. 0.6 ~
    

复制代码

pitonas

my $师傅 jason680:

1. 问题本不难，你又不举例，
   
2. 描述又乱写，让人费疑猜？

复制代码

难的不是问题 ~ {:2_172:}
最难的是看懂问题 ~ {:2_168:}

pitonas

谢谢 $师傅解释一下 ~{:2_172:}

回复 5# xiumu2280


   

pitonas

说实话，我估计看一年也看不懂问题 ~ {:2_176:}

3.txt：
flag3 flag1 flag3 flag1 flag1  flag3  flag1  flag1  flag1   flag1  flag1  

得到结果是：{:2_170:}
3.txt    chr1  1-11  flag1
3.txt    chr1  1-11  flag3


LZ 帮解释一下 what + why ?

A:
f1 f2 f1 f2 f1 f2 f1 f2 f3 f2 f3 f3 f1
B:
f1 f1 f2 f1 f1 f1 f2 f2 f1

得到结果是? and how ?

pitonas

给一些复杂的例子, 并解释 ~ {:2_171:}
你的规则 ?

my $question; ~ {:2_168:}

3 3 3 2 2 1 1 1 2 3

1 > 3

1:
2 2 1 1 1 => F1: 4-8
3 3 3 => F3: 1-3


or
2:

1 1 1 2 3 => F1: 6-10
3 3 3 2 2 => F3: 1-5

or ....




example 2.txt

flag3 flag3 flag3 flag2 flag2  flag2  flag2  flag3  flag3   flag3  flag3

f2 > f3

1:
flag3 flag3 flag2 flag2  flag2 => F2: 2-6
flag2  flag3  flag3   flag3  flag3 => F3: 7-11

2:
flag2 flag2  flag2  flag2  flag3 => F2: 4-8
flag3 flag3 flag3 => F3: 1-3
flag3   flag3  flag3 => 9-11

3:
flag3 flag2 flag2  flag2  flag2 => F2: 3-7
flag3  flag3   flag3  flag3 => F3: 8-11

or....

pitonas

哪里是我的帖子？ 我找不到 ?  {:2_167:}

回复 40# huang6894