哪位帮我看看，bioperl处理fastq文件

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1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use Bio::SeqIO;
   
4. 
   
5. my $IN=Bio::SeqIO->new(-file=>"in.fastq",-format=>"fastq");
   
6. my $OUT=Bio::SeqIO->new(-file=>">out.fastq",-format=>'fastq');
   
7. while(my $seq=$IN->next_seq()){
   
8.         my $id=$seq->id;
   
9.         print "Now is:\t$id\n";
   
10.        
    
11.         my $len=$seq->length();
    
12.         my $quals=$seq->qual();
    
13.        
    
14.         my $n=0;
    
15.         foreach my $qual(@{$quals}){
    
16.                 if($qual<8){
    
17.                         $n++;
    
18.                 }
    
19.         }
    
20.         unless ($n/$len >= 0.4){
    
21.                 $OUT->write_seq($seq);
    
22.         }
    
23. }
    
24. $OUT->close();
    
25. $IN->close();
    
26. 
    
27. print "Finished!\n";

复制代码

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回复 3# super_two


    BioPerl模块自动就处理了！

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回复 6# super_two


    你是不是改脚本内容了？我这儿都运行正常！

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回复 8# super_two


    不能直接读压缩文档，只能读fastq格式的文档，可以通过管道，边解压边处理。