求助：关于核苷酸和氨基酸筛选的问题（已解决，感谢！）

hztj2005

核苷酸序列文件中应该是三个字母算一个密码子？那么第二个文件中的点位是否是：
TTT-AGG-GTT-TCC-GGC-GCC-CCG-TCA-GGG-AAA-ACC-AAA-TTA-GGG-TTT-CGA-TTT-AAA-ATC-GCA-
AAA
如何与score.txt对应？

第一段中，氨基酸序列中如何算一个点位？又如何与score.txt对应？
FRVSGAPSGKTKLGFRFKIAK-----PHKRSRETLLKEAGAEARGEDKAQVGRMTTRLKK
NRKKRGHVSAGHGRIGKHRKHPGGRGNAGGMHHHRILFDKYHPGYFGKVGMRHFHKLRNH
YHCPIVNIEKLWSLIPEDVKAKAT----AESAPLVDVTQFGYFKVLGKGELP-KQPIVVK
AKLISKLAERKIKEAGGAVMLTA

hztj2005

score.txt只有203个值，而上面每个片段有609个字母或-，看来氨基酸序列也是三个字母一个点位了。
那么2楼的代码应该也可以处理氨基酸序列，为何还要代码呢?

hztj2005

回复 5# 56836430

你是生物专业的，在表达问题时要让非生物专业的人能理解。

我关心的问题：“氨基酸是一个位点一个值”，你这里“位点”是指一个字母吗？那么上面的氨基酸片段有609个字母，而score.txt只有203个值，两者之间是如何对应的？你要把这个问题解释清楚。

至于“核苷酸是三个字母一个值”，那么609个字母构成203个“位点”，刚好对应score.txt只有203个值，反而容易处理。


   

hztj2005

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. open($score_f, "score.txt");#打开文件
   
4. open($fasta_f, "Nucleotide.txt");#打开Nucleotide文件
   
5. open(Out, ">Nucleotidenew.txt");#输出结果文件
   
6. 
   
7. 
   
8. #读入score.txt
   
9. @Scores={};
   
10. while (<$score_f>){
    
11.          chomp;
    
12.          #print $_;
    
13.          if($_){
    
14.             $n++;
    
15.             push  @Scores,$_;
    
16.                
    
17.          }
    
18. }
    
19. 
    
20. @Scorestemp = splice (@Scores,1,203); #删除第一个原因不明的非法元素。
    
21. @Scores=@Scorestemp;
    
22. 
    
23. $Scorenum=@Scores;
    
24. print Out        ("$Scorenum\n");
    
25. 
    
26. #print Out        ("@Scores\n");
    
27. 
    
28. #读取Nucleotide.txt
    
29. 
    
30. my $fastaall="";
    
31. my $fastatemp="";
    
32. while (<$fasta_f>){
    
33.          chomp;
    
34.          $fastatemp = $fastaall.$_;
    
35.          $fastaall= $fastatemp ;         
    
36.          #print Out        $fastaall."\n";   
    
37.         
    
38. }
    
39. 
    
40. $fastaall =~ s/\s//g;#删除不当空白
    
41. $fastaall =~ s/(([-A-Z]){3})/$1 /g;#给每个位点添加一个空白
    
42. @Datafasta=split(/ /,$fastaall);#按空白切分
    
43. 
    
44. #检查读入数据分组是否正确
    
45. $Datafastanum=@Datafasta;
    
46. print Out        "\r\n";
    
47. print Out        ("Datafastanu:$Datafastanum\r\n");
    
48. $n=1;
    
49. foreach $item (@Datafasta) {
    
50.      print Out ("$n:$item\r\n");
    
51.      $n++;
    
52. }
    
53. 
    
54. 
    
55. #提取Score值大于5的位置对应的碱基
    
56. @Datanew ={};
    
57. for ($i = 0; $i <= @Datafasta; $i++) {
    
58. 
    
59.     if($Scores[$i] >= 5)
    
60.     {
    
61.             #print $Datafasta[$i]."\n";
    
62.             push  @Datanew, $Datafasta[$i];
    
63.            
    
64.     }
    
65. }
    
66. 
    
67. @Datanewtemp = splice (@Datanew,1,203); #删除第一个原因不明的非法元素。
    
68. @Datanew=@Datanewtemp;
    
69. 
    
70. #分组结果
    
71. print Out        ("@Datanew\n");
    
72. 
    
73. #最终结果
    
74. $result=join("",@Datanew);
    
75. print Out        "$result\n";
    
76. 
    
77. exit;
    
78. 
    
79. #打印最终结果个数：
    
80. $Datanewnum=@Datanew;
    
81. print Out        ("$Datanewnum\n");
    
82. 
    
83. exit;
    
84. 
    
85. ---------------------------------------------
    
86. 对perl不熟悉，上面代码写得不好，改一改：
    
87. #!/usr/bin/perl
    
88. 
    
89. open($score_f, "score.txt");#打开文件
    
90. open($fasta_f, "Nucleotide.txt");#打开Nucleotide文件
    
91. open(Out, ">Nucleotidenew.txt");#输出结果文件
    
92. 
    
93. #读入score.txt 并删除多余的空格
    
94. my @Scores = map {chomp;s/^ +//;$_} <$score_f>;
    
95. 
    
96. #读取Nucleotide.txt
    
97. my $fastaall="";
    
98. while (<$fasta_f>){
    
99.      chomp;
    
100.      $fastaall = $fastaall.$_;
     
101. }
     
102. 
     
103. $fastaall =~ s/\s//g;#删除不当空白
     
104. @Datafasta = $fastaall =~ m/\G[-A-Z]{3}/g;#按点位分割
     
105. 
     
106. #检查读入数据分组是否正确
     
107. $Datafastanum=@Datafasta;
     
108. print Out        ("Datafastanu:$Datafastanum\r\n");
     
109. $n=1;
     
110. foreach $item (@Datafasta) {
     
111.      print Out ("$n:$item\r\n");
     
112.      $n++;
     
113. }
     
114. 
     
115. #提取Score值大于5的位置对应的碱基
     
116. $i = -1;
     
117. @Datanew = grep {$i++;($Scores[$i] >= 5)}@Datafasta;
     
118. 
     
119. #分组结果
     
120. print Out        "@Datanew\n";
     
121. #最终结果
     
122. print Out        @Datanew;
     
123. exit;
     

复制代码

hztj2005

回复 12# sunzhiguolu

我多年用c++写代码，思路容易理顺。但对Perl并不熟悉，这段代码应该是很笨拙的，至少我自己是这样看。