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[文本处理] 如何通过筛选得到想要的结果 [复制链接]

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发表于 2018-04-26 13:42 |显示全部楼层
A文件是tblastn的结果,提取了4列,分别是query sequence,database sequence,identify,bitscore
RT_1731 C31885690_3506_8718     44.08   192
RT_1731 C31916076_2849_8330     41.32   179
RT_1731 C31974922_160_7762      39.59   179
RT_1731 C31981224_559_5881      41.22   178
RT_17_6 C31683708_369_8318      42.86   199
RT_17_6 C31728550_15_8479       40.26   186
RT_17_6 C31885690_3506_8718      41.13   184
RT_17_6 C31768124_469_8564      41.56   189
RT_v_clade      tscaffold730_1316886_1327114    51.53   264
RT_v_clade      tscaffold7539_190373_196805     57.01   266
RT_v_clade      C31981224_559_5881     41.22   265
RT_v_clade      tscaffold7725_1148746_1157058   52.84   276

我只想要与database sequence比对上的相似度最好的那个query sequence 所在行,如果identify相同的情况下,取bitscore高的。
如下结果:
RT_1731 C31885690_3506_8718     44.08   192
RT_1731 C31916076_2849_8330     41.32   179
RT_1731 C31974922_160_7762      39.59   179
RT_17_6 C31683708_369_8318      42.86   199
RT_17_6 C31728550_15_8479       40.26   186
RT_17_6 C31768124_469_8564      41.56   189
RT_v_clade      tscaffold730_1316886_1327114    51.53   264
RT_v_clade      tscaffold7539_190373_196805     57.01   266
RT_v_clade      C31981224_559_5881     41.22   265
RT_v_clade      tscaffold7725_1148746_1157058   52.84   276
哪个大神能帮帮忙?

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发表于 2018-04-26 16:06 |显示全部楼层
本帖最后由 wh7211 于 2018-04-26 16:07 编辑

回复 1# wd_my


<<<awk4.0+
  1. awk '{if(a[$2]==$3&&b[$2]<$4||a[$2]<$3){a[$2]=$3;b[$2]=$4;c[$2]=NR"->"$0}}END{PROCINFO["sorted_in"]="@val_num_asc";for(i in c){gsub("^.*->","",c[i]);print c[i]}}' A
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