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[文本处理] shell找到两个文件含有相同项的那一行 [复制链接]

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发表于 2018-05-14 09:48 |显示全部楼层
1.txt(共19列)
E00548:177:HKH53CCXY:4:2101:31629:73229 ATGCGTACCACA    TACCAGCAGTTC    163     chr21   5013083 0       138M    =   ..........
E00548:177:HKH53CCXY:4:2214:23957:16516 TACCAGCAGTTC    ATGCGTACCACA    99      chr21   5013083 0       138M    =  ...........
E00548:177:HKH53CCXY:4:2107:22465:37805 CTTCCATAGGCA    TACAGACTGTGG    99      chr21   5029564 0       138M    =   ..........
E00548:177:HKH53CCXY:4:1112:23348:54278 CTCTCCTATAGC    CAAGCAACCGAT    99      chr21   5030464 27      138M    =    ...........

2.txt(19列,与1.txt格式相同)
E00548:177:HKH53CCXY:4:2104:25834:32180 TCAAGGAGAACC    AGAGTTCACGGA    163     chr21   5010006 0       126M12S =  。。。。。。。
E00548:177:HKH53CCXY:4:1221:22384:69836 ACGACACTGCTA    CACAAGTGTGGT    99      chr21   5010007 0       138M    =   。。。。。。。。
E00548:177:HKH53CCXY:4:2107:22465:37805 CACAAGTGTGGT    GACAGGTCATAC    83      chr21   5010017 0       138M    =   。。。。。。。。
E00548:177:HKH53CCXY:4:2102:17239:21614 CACAAGTGTGGT    GACAGGTCATAC    163     chr21   5010020 0       138M    =   。。。。。。。。。


想要找的东西是如果2.txt中的第一列中有等于1.txt中第一列的,则打印2.txt中的这一行,如上述则输出结果为:
E00548:177:HKH53CCXY:4:2107:22465:37805 CACAAGTGTGGT    GACAGGTCATAC    83      chr21   5010017 0       138M    =   。。。。。。。。

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日期:2018-05-14 09:52:42
发表于 2018-05-14 10:25 |显示全部楼层
回复 1# elaine2017


  1. awk 'FILENAME==ARGV[1]{a[$1]++;next}a[$1]' 1.txt 2.txt
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