<>读取文件时的嵌套问题

milkharbor

需要在读取一个文件的过程中对另外一个文件进行遍历，使用类似如下形式的代码：

while(<FILE1>){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;... ...; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;while(<FILE2>){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;... ...; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;} &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;... ...; }

但是在<FILE2>中只能读取第一行，得知在“<>”嵌套使用过程中会有异常发生，但是如何解决？还请高手指点！

sewenew

试试用FileHandle模块，然后用它的getline函数，不要用<>操作符

cobrawgl

我试了试，好像没出问题啊，要不你贴代码看看？

milkharbor

getline也是调用的<>吧？
我的代码就是上面那样的，只是在内测循环中使用next的时候直接跳出外侧的循环了，使用标签也不管用

cobrawgl

我加了个 next 也没有跳出去啊。

btw：你不贴代码，谁也帮不了你。

milkharbor

我的代码：

open IN, "< $infile" or die "$infile: $!";
while (<IN>){
        chomp;
        next if $. == 1;
        my @F = split/\t/;
        my $chro = $F[5];
        my $chrfile = "chr/ref_chr" . $chro . ".fa";
        my $seq = get_seq($chrfile, $ctg);
}
close IN;

sub get_seq{
        my $chrfile = shift;
        my $ctg = shift;
        open CHRO, "< $chrfile" or die "$chrfile: $!";
        my $record = 0;
        my $seq = "";
LOOP:        while (<CHRO>){
                chomp;
                my $line = $_;
                print "$.\n";
                if ($line =~ /^>/){
                        my @F = split/\|/;
                        my $ctg_in = $F[3];
                        $ctg_in =~ s/\..*$//;
                        if ($ctg_in eq $ctg){
                                $record = 1;
                                print "Got $ctg_in\n";
                        }else {
                          next LOOP;
                        }
                }
                if ($record == 1){
                        if ($line =~ /^>/){
                                $record = 0;
                                last LOOP;
                        }
                        $seq .= $line;
                }
        }
        print "$seq\n";
        close CHRO;
        return $seq;
}

cobrawgl

是你程序的问题

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $infile = 'infile.txt'; open IN, "< $infile" &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;or die "$infile: $!"; while (<IN>){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;chomp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;next if $. == 1; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $chro = (split/\t/)[5]; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $chrfile = "chr/ref_chr" . $chro . ".fa"; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;# &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $ctg = 'test'; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;# &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $seq = get_seq($chrfile, $ctg); &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;print "$seq\n"; } sub get_seq{ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $chrfile = shift; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $ctg = shift; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $seq; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;# &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;$chrfile = 'chrfile.txt'; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;# &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;open CHRO, "< $chrfile" &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;    or die "$chrfile: $!"; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;while (<CHRO>){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;chomp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;if (/^>/){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;my $ctg_in = (split/\|/)[3]; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;$ctg_in =~ s/\..*$//; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;next unless $ctg_in eq $ctg; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;$seq = $_; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;last; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;} &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;return $seq; }

1. 
   
2. infile.txt
   
3. t        h        h        h        h        h        h        h
   
4. h        h        h        h        h        h        h        h
   
5. h        h        h        h        h        h        h        h
   
6. h        h        h        h        h        h        h        h
   
7. 
   
8. chrfile.txt
   
9. =
   
10. =
    
11. =
    
12. =
    
13. >h|test|test|test|test|test|test
    
14. 
    
15. 
    
16. >perl -w Perl-1.pl
    
17. >h|test|test|test|test|test|test
    
18. >h|test|test|test|test|test|test
    
19. >h|test|test|test|test|test|test
    
20. >Exit code: 0
    
21. 
    

复制代码

[ 本帖最后由 cobrawgl 于 2008-5-8 10:15 编辑 ]

cobrawgl

你把函数里的 print 都去掉试试

milkharbor

找到问题了，由于我是的inputfile是在windows下生成的，所以我在chomp的时候用了local $/ = '\r'；导致在子例程中将文件一次性读入，所以看起来一直只有一行，原来吃过'\n\r'的亏，现在居然又矫枉过正了，真是又上了一课！

非常感谢cobrawgl的耐心帮助，也希望我的教训能给大家些启示，呵呵