如何在Windows下安装模块

camus1984

我找到了在Linux下安装该模块的方法，但是不知道如何在本地Windows下操作安装，请大家指点，在Linux下安装方法如下:

安装EnsEMBL的模块
文件会被安装到当前目录下


$ cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/ensembl login

Logging in to :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:2401/cvsroot/ensembl

CVS password: CVSUSER

$ cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/ensembl checkout -r branch-ensembl-45 ensembl


上面最后一行安装的是EnsEMBL Core，若需要安装EnsEMBL Variation，则需将最后的ensembl换成ensembl-variation，即：

$ cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/ensembl checkout -r branch-ensembl-45 ensembl-variation

设置环境变量
目的是让Perl可以找到相关模块：


PERL5LIB=${PERL5LIB}:/path/to/BioPerl/modules

PERL5LIB=${PERL5LIB}:/path/to/ensembl-core/modules

PERL5LIB=${PERL5LIB}:/path/to/ensembl-variation/modules

PERL5LIB=${PERL5LIB}:/path/to/ensembl-compara/modules

export PERL5LIB


请把"/path/to/BioPerl/modules"换成BioPerl模块实际安装的目录。同理，后面的"/path/to/ensembl-core/modules"等，也应该换成EnsEMBL模块实际安装的目录。

apile

copy到 perl -V看到的目录下....

camus1984

将什么copy过去？是不是ensembl的文件？还是什么其他的？

apile

/BioPerl/modules

/ensembl-core/modules

/ensembl-variation/modules

/ensembl-compara/modules
copy这些过去就行了...

aaron2k8

你在windows上应该安装了PPM（Perl Package Manager）吧，那就很简单了，在命令行模式下输入：
ppm search <module_name>
在列出的一堆相关模块中找到你要的
ppm install <module_name>
就ok了

camus1984

谢谢2位的帮助，我按照apile的方法，下载了对应的文件夹，放在了perl的目录下，打开activeperl的时候，
也有Downloading ensembl packlist ... done的显示，貌似是装对了，下面就是我应该找到属于该模块的package来安装，而现在的问题是，我如何知道众多的package中，哪个是属于ensembl模块的呢？？（搜索ensembl也搜不到，就是说package的名字里面没有这个字段）

[ 本帖最后由 camus1984 于 2008-5-29 23:42 编辑 ]

apile

/BioPerl/modules

/ensembl-core/modules

/ensembl-variation/modules

/ensembl-compara/modules
这些目录下的pm都是呀....
你要看他的说明吧..

camus1984

可能我之前没有表达清楚的，我现在是在Windows下用eclipse做IDE，activeperl做解释器的，来运行perl

每个module下都有很多的pm文件，我应该如何操作呢？是ppm install还是其他的什么操作？（我看了说明的文件，貌似是针对Linux的说明）
我才接触perl的，很多基本的东西我不太清楚的，麻烦大家了～

apile

搬到那些@INC目录下的pm..就可以直接用
use XXX;
使用啦....
eclipse的E-P-I-C plugin 自动会把@INC下的module load进来..
所以不用管什麽Install 不Install..只要放在@INC..就当是install好了...

接下来就是要看那些pm的说明文档..看看如何使用..

PS:放在那些目录下不代表可以正常使用..有些module需要先用c/c++ compile才能用...