请教如何提取匹配的前两行？？？

juzi1114

不好意思 我又来了 呵呵...
现在有这样的文件
>P31946|1433B_HUMAN 14-3-3 protein beta/alpha - Homo sapiens (Human)
MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSS
WRVISSIEQKTERNEKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFY
LKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFY
YEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENQGDEGD
AGEGEN
>P62258|1433E_HUMAN 14-3-3 protein epsilon - Homo sapiens (Human)
MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVF
YYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVF
YYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGE
EQNKEALQDVEDENQ
>Q04917|1433F_HUMAN 14-3-3 protein eta - Homo sapiens (Human)
MGDREQLLQRARLAEQAERYDDMASAMKAVTELNEPLSNEDRNLLSVAYKNVVGARRSSW
RVISSIEQKTMADGNEKKLEKVKAYREKIEKELETVCNDVLSLLDKFLIKNCNDFQYESK
VFYLKMKGDYYRYLAEVASGEKKNSVVEASEAAYKEAFEISKEQMQPTHPIRLGLALNFS
VFYYEIQNAPEQACLLAKQAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDQQDE
EAGEGN
我现在想要提取以">"开头的序列的前两行，就是上面红色的字符，现在序列有很多条 怎么提取啊？ 谢谢啦

[ 本帖最后由 juzi1114 于 2008-7-7 09:44 编辑 ]

converse

$flag=0;
while(<>)
{
   if(/^>/ || $flag < 3)
  {
       print $_, "\n";
       $flag++
  }  
   else if ($flag == 3)
   {
       $flag = 0;
   }

}

[ 本帖最后由 converse 于 2008-7-7 10:47 编辑 ]

net_robber

不支持用Perl解决这个题目

用shell似乎简单一点

grep '^>' urfile|sed -n 1,2p

juzi1114

恩 谢谢你的建议，我试了下不过还是不行诶 出来的只有以“>”开头的那一行

juzi1114

呵呵 谢谢啦，不过现在我正在学习perl就是了
还有刚刚貌似按错了下“报告”，不好意思哦 偶不是故意的啦

converse

已经编辑了 你再看

hitsubunnu

1. 
   
2. 
   
3. open(FF,"123.dat");
   
4. my @data = <FF>;
   
5. close(FF);
   
6. 
   
7. my $inum = 0;
   
8. my @num;
   
9. for(@data){
   
10.         if(/^>/){
    
11.                 push @num,$inum;
    
12.         }
    
13.         $inum++;
    
14. }
    
15. 
    
16. for(@num){
    
17.         print "$data[$_]";
    
18.         print "$data[$_+1]";
    
19. }
    
20. 
    

复制代码

hitsubunnu

原帖由 converse 于 2008-7-7 10:26 发表
$flag=0;
while()
{
   if(/^>/ || $flag < 3)
  {
       print $_, "\n";
       $flag++
  }  
   else if ($flag == 3)
   {
       $flag = 0;
   }

}

else if    c语言版主 的 习惯性错误

[ 本帖最后由 hitsubunnu 于 2008-7-7 10:57 编辑 ]

open2open2

我刚写了个
验证成功
$flag=0;

while(<FILE>)
{
        if(/^>/)
        {
                for($flag=0; $flag <= 2; $flag++)
                {
                        print $_ , "/n";
                        $_ = <FILE>;
                }
        }
}

FILE要用open和你的打开的文件关联一下。

juzi1114

呵呵 谢谢啦 现在已经出来了 我的文件比较大 用数组比较慢吧