急！如何从一个文件里的名字提取另一个文件相对应的部分

juzi1114

不好意思，各位 又来打扰了，现在比较急拉，帮我看看这个程序吧，现在我有两个文件，1.txt 和2.txtt
我的编码如下：
#!/usr/bin/perl -w
open(FILE1,"<1.txt" || die"$!";
open(FILE2,"<2.txt" || die "$!";
open(FILE_OUT,">3.txt" || die "$!";
@array =<FILE2>;
close (FILE2);
foreach $name(@array)
{
chomp($name);
$flag =0;
        while(<FILE1>
        { chomp;
                if($_=~ /^>/)
                {
                  if($_=~ /$name\|(.*)/){
                   print FILE_OUT $_,"\n";
                $flag =1;
                   }
                        else
                        {next;}
                }
                else
                {
                        if($flag ==1){
                        print FILE_OUT $_,"\n";}
                       
               
                }


        }
}
close(FILE_OUT);
close(FILE1);

我是想要用2.txt里的名字去提取文件1.txt里的序列，但是弄了好久都出错，麻烦帮我看看吧  谢谢拉 ....

[ 本帖最后由 juzi1114 于 2008-7-10 10:34 编辑 ]

forlorngenius

if (m/$name(.*)){


here

juzi1114

是我不小心掉了 已经改过来了

juzi1114

我重新修改了下，你们谁有时间帮我看下吧 55... 谢谢啦！！

cobrawgl

你举个例子，你想做什么（提取哪部分）

juzi1114

从第2个文件中由每一行提取相应的部分 如由
>P30443这一行来提取另外一个文件中所对应的序列
>P30443|1A01_HUMAN HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain precursor - Homo sapiens (Human)
MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
DSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDGSHTIQ
IMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQR
RVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEL
SSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSL
TACKV

cobrawgl

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $file1 = '1.txt';
my $file2 = '2.txt';


open FILE_1, $file1
    or die;

open FILE_2, $file2
    or die;

my @data = <FILE_1>;
my $data = join '', @data;

while (<FILE_2>) {
        print;
        chomp;
    print $1 if $data =~ /($_.*?)>/ms;
}


__________________________

先给你个能用的，版主有个更好的解决办法，可惜我还没学会

juzi1114

呵呵 非常感谢了啊 真的是感激涕零啊 哈哈.... 我从昨天弄到现在 就这一个快把我弄晕了 原来这样看起来的话不是很难 就是我想的逻辑太复杂了，谢谢  好崇拜你们啦 呵呵.... 多向你们学习了！！！

juzi1114

呵呵 有个地方不是很懂啦 就是my $data = join '', @data; 这一句是把整个文件都变为一行了吗？ 那后面出来的结果怎么按照以前的格式来分行的？？？

forlorngenius

原帖由 juzi1114 于 2008-7-10 13:20 发表
呵呵 非常感谢了啊 真的是感激涕零啊 哈哈.... 我从昨天弄到现在 就这一个快把我弄晕了 原来这样看起来的话不是很难 就是我想的逻辑太复杂了，谢谢  好崇拜你们啦 呵呵.... 多向你们学习了！！！

花点时间把programming perl的正则表达那章好好看看就能解决了。