转换字符编码遇到的问题

Very.Very.Sorry

我在/opt/tomcat/webapps/website下部署了一个java的web项目，里面的一些jsp文件用了链接，比如/website/content/index.jsp 就 link 到了 /website/index.jsp
当我用iconv做批量的字符编码转换时，

iconv -f iso-8859-1 -t utf8 $file -o $file

我是用转换过后的文件来覆盖原文件，这时问题出现了，凡是带link的那些文件转换编码后会生成一个同名的，不带link的文件。

请教下大家，该怎么解决呢？

既能批量的转换文件的编码，而且还不丢失link。