perl实现两个文件中数据的交集???

hu145165

有两个文件 a、b。其中的数据都是连续性的
如
a:ACCUTCUTCUTGGCTTAGACUGAUCGACUGCAUGCAUGCAU.......
b:TCCUTTTTCUTUATUCATUCTAUCTAUUCGACUGCTTTGGTCGCT.....
其中交集数据有UCGACUGC、CUTTTTCUT
请问用perl如何讲这交集的数据找出来,并打

[ 本帖最后由 hu145165 于 2009-9-3 16:43 编辑 ]

blackold

如何理解交集？b中并没有CUTTTTCUT。

iakuf

原帖由 hu145165 于 2009-9-3 08:57 发表
有两个文件 a、b。其中的数据都是连续性的
如
a:ACCUTCUTCUTTTTCUTGGCTTAGACUGAUCGACUGCAUGCAUGCAU.......
b:TCUATUCATUCTAUCTAUUCGACUGCTTTGGTCGCT.....
其中交集数据有UCGACUGC、CUTTTTCUT
请问用p ...

请看以前的帖子,如下微软面世试题-最大公共串-求两个字符串的最大公共子串的一个有意思的题目,我想这个就是你所要的吧
http://bbs.chinaunix.net/viewthread.php?tid=1333575

hu145165

原帖由 blackold 于 2009-9-3 09:06 发表
如何理解交集？b中并没有CUTTTTCUT。

对不起 是我没有把数据处理好 已经更正

longbow0

既然是核苷酸序列，当然用 BLAST 了。

hu145165

原帖由 iakuf 于 2009-9-3 10:09 发表




请看以前的帖子,如下微软面世试题-最大公共串-求两个字符串的最大公共子串的一个有意思的题目,我想这个就是你所要的吧
http://bbs.chinaunix.net/viewthread.php?tid=1333575

sub string($$){
  my ($strmin,$strmax) = @_;
       for( my $i = 0; $i < length($strmax); $i++) {
           $lstrmin = substr($strmin, $i);
           my $nowstr;
           for(my $j=0; $j< length($lstrmin);$j++){
                 my @list=split '',$lstrmin;
                 $nowstr .= @list[$j];
                 if (index($strmax, $nowstr)>=1 && length($nowstr) > length($r)){
                        $r = $nowstr;
                }

        }
    }
        return  $r;
}
谢谢你 这个算法很好用
如果我的数据中出现的是2个 或者2个以上的。
其实我想$b=~s//sub($a,$b)/
            $b=~s//sub($a,$b)/
然后再继续 直到没有可以匹配的
不知这样是否可以

[ 本帖最后由 hu145165 于 2009-9-4 08:30 编辑 ]