请教 字符串循环右移

hulnglei

多谢骑士上心！
其实我没有考虑这个，这是原始表格的格式：
Sequence ID        Repeat Type        Repeat        Start Base        End Base        Length
>TA9635_3708        trinucleotide        GCTGCTGCTGCTGC        486        499        14
>TA9630_3708        tetranucleotide        TTTGTTTGTTTGTT        481        494        14
>TA9618_3708        dinucleotide        GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA        31        50        20

因此，它的重复次数是知道的。
所以我只用考虑 AT和TA的冗余，


此外可能是我没有说清楚 DNA双链中A的对面是T，G的对面必定是C  然后两条链又是反向的 所以AT和CG又是冗余的，不过 这是下一步的事情了，暂时不需要考虑！

x9x9

此外可能是我没有说清楚 DNA双链中A的对面是T，G的对面必定是C  然后两条链又是反向的 所以AT和CG又是冗余的，不过 这是下一步的事情了，暂时不需要考虑！

我猜测这里大多数网友都不是很懂生物学的专业知识，所以你要想获取帮助，也许要直接给出原始数据，然后说明你要得到什么。

Sequence ID        Repeat Type        Repeat        Start Base        End Base        Length
>TA9635_3708        trinucleotide        GCTGCTGCTGCTGC        486        499        14
>TA9630_3708        tetranucleotide        TTTGTTTGTTTGTT        481        494        14
>TA9618_3708        dinucleotide        GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA        31        50        20

因此，它的重复次数是知道的。

你想要的是把每种重复归类还是其它什么呢？

hulnglei

我是想先归类，再计数，不过这都简单，用sort 再uniq就行，就是刚开始怎么弄没想清楚。

x9x9

原帖由 hulnglei 于 2009-11-28 22:45 发表
我是想先归类，再计数，不过这都简单，用sort 再uniq就行，就是刚开始怎么弄没想清楚。

你所说的开始是哪一步？

hulnglei

原帖由 x9x9 于 2009-11-29 10:53 发表

你所说的开始是哪一步？

就是将原始表格
Sequence ID        Repeat Type        Repeat        Start Base        End Base        Length
>TA9635_3708        trinucleotide        GCTGCTGCTGCTGC        486        499        14
>TA9630_3708        tetranucleotide        TTTGTTTGTTTGTT        481        494        14
>TA9618_3708        dinucleotide        GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA        31        50        20

其中Repeat项的重复序列挑出来。后来我加上excel弄出来 不过非常复杂。
先将 重复类型都换成数字 2，3，4，5.
按照其重复的类型，重复几次 就几次substr（$3,1,$2) substr($3,2,$2) 用awk将几个重复类型都输出来。
如第一行 有GCT CTG TGC三个重复类型
再在excel表格中用替换 将A换成1 将C换成2 将G换成3 将T换成4 然后选最小值。如第一行的324 243 432 就选243    然后再替换回来。

所以这个问题如果没有其他方法 我勉勉强强，基本算是解决了。谢谢各位大虾！