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以下是从网上收集的从perl中调用R的方法:
1 直接用system()命令
比如有个test.R程序,可以通过下面的方式调用:
system("R <test.R --vanilla")
2 安装模块RSperl
该模块的具体介绍http://www.omegahat.org/RSPerl/
安装过程如下:
tar zxf RSPerl_0.9-0.tar.gz
R CMD INSTALL --configure-args='--with-in-perl' RSPerl
cd RSPerl/src
make -f Makefile.perl install
设置环境变量:
$R_LIBS:设置需要的R的包的位置,默认是$R_HOME/library/。
$PERL5LIB:设置需要的perl包(R.pm,RReferences.pm,R.so)的位置。
RSPerl/scripts /目录里提供了两个设置环境变量的shell命令文件,可以直接使用:source RSPerl/scripts/RSPerl.csh
3 使用perl中的module Statistics::R
(转自http://cos.name/bbs/simple/index.php?t16122.html)
用Statistics::R ,既可适用于Win32平台,也可在Linux 中使用。
不过Win32平台安装模块要在cmd命令行中使用cpan进行安装,而ActivePerl的PPM找不到安装模块。
模块有一共有四个:Statistics::R
Statistics::R::Bridge
Statistics::R::Bridge::Win32
Statistics::R::Bridge::pipe
不过好像先安装第二个,再安装第一个,后边2个好像会自动安装(我装的时候没注意,反正用cpan再装多一次也无防)
以下是一个在Win32平台的示例:输出一个矩阵及打印输出矩阵的行例数:
--------------------------------------------------------
#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;
my $R = Statistics::R->new() ;
$R->startR ;
$R->send(qq`A=rbind(c(76.0, 91.5, 85.5, 82.5, 79.0, 80.5, 74.5,79.0, 85.0, 76.5, 82.0, 95.0, 92.5), \n
c(50, 20, 20, 30, 30, 50, 60, 50, 40, 55,40, 40, 20), \n
c(120, 141, 124, 126, 117, 125, 123, 125,132, 123, 132, 155, 147)) \n`) ;
$R->send(qq`ncol=ncol(A);
nrow=nrow(A) \n print(paste("矩阵A是",nrow,"行",ncol,"例矩阵",sep="")) `);
my $ret = $R->read; print $ret,"\n";
$R->send(qq`print(A)`);
my $ret = $R->read;
print $ret; $R->stopR();
#注:$R->read只能读取到R最后一次的输出信息,所以R每输出一次信息就需调用一次$R->read,然后将其结果用print在perl中打印输出
-------------------------------------------------------
输出结果为:
[1] "矩阵A是3行13例矩阵"
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,] 76 91.5 85.5 82.5 79 80.5 74.5 79 85 76.5 82 95 92.5
[2,] 50 20.0 20.0 30.0 30 50.0 60.0 50 40 55.0 40 40 20.0
[3,] 120 141.0 124.0 126.0 117 125.0 123.0 125 132 123.0 132 155 147.0
-------------------------------------------------------
一般人希望用perl调用R的目的 应该不只是希望得到R的处理结果,而是希望perl能利用R内部的大量科学计算函数:
假如要将变量从perl传入R中进行计算(如将$a=1传进R),或要将调用R函数计算出的唯一结果值传入perl再进行后续处理(如
将向量c(1,2,3,4,6)的均值加上$a的结果传入perl后利用perl再进行加2处理),可以如下写脚本:
#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;
my $a=1;
my $R = Statistics::R->new();
$R->startR; $R->send(qq`x=c(1,2,3,4,6) \n y=mean(x) \n z=$a+y \n print(z)`) ;
my $ret = $R->read;
print $ret,"\n";
#输出R的处理结果
$R->stopR(); $ret=~s/\[\d\]\s+(\d+)/$1/g;
my $b=$ret+2;
print $b;
#输出最终结果个人感觉还是用system()函数比较方便,其他两种都有点麻烦。
[ 本帖最后由 hu145165 于 2009-12-21 14:59 编辑 ] |
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