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请教一个BioPerl问题
目的: 有一条生物序列,包括序列、序列名称,以及feature信息,要把这些内容以genbank格式保存到文件。
代码如下:- use Bio::SeqIO;
- use Bio::Seq;
- use Bio::SeqFeature::Generic;
- use strict;
- my $seq = "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA";
- my $name = "test";
- my $Obj_Seq = Bio::Seq->new( -display_id => $name, -seq => $seq);
- my $feat = Bio::SeqFeature::Generic->new(
- -start =>1, -end =>10, -strand =>1,
- -primiary =>'CDS', -display_name =>'misc');
- $Obj_Seq->add_SeqFeature($feat);
- my $seq_io = Bio::SeqIO->new(-format => 'genbank', -file => "test.gb");
- $seq_io->write_seq($seq_obj);
复制代码 但是test.gb内容为空,没有将序列写到文件中。
请问如何解决这个问题?
谢谢! |
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