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请教Bio::SeqIO 写入文件 [复制链接]

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发表于 2010-03-20 20:04 |只看该作者 |倒序浏览
请教一个BioPerl问题

目的: 有一条生物序列,包括序列、序列名称,以及feature信息,要把这些内容以genbank格式保存到文件。
代码如下:
  1. use Bio::SeqIO;
  2. use Bio::Seq;
  3. use Bio::SeqFeature::Generic;
  4. use strict;

  5. my $seq = "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA";
  6. my $name = "test";
  7. my $Obj_Seq = Bio::Seq->new( -display_id => $name, -seq => $seq);
  8. my $feat = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  9.                 -start =>1, -end =>10, -strand =>1,
  10.                 -primiary =>'CDS', -display_name =>'misc');
  11. $Obj_Seq->add_SeqFeature($feat);
  12. my $seq_io = Bio::SeqIO->new(-format => 'genbank', -file => "test.gb");
  13. $seq_io->write_seq($seq_obj);
复制代码
但是test.gb内容为空,没有将序列写到文件中。
请问如何解决这个问题?
谢谢!

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发表于 2010-03-20 20:40 |只看该作者

  1. my $seq_io = Bio::SeqIO->new(-format => 'genbank', -file => ">test.gb");
复制代码
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