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如何有效的对超出内存大小的序列进行排序？ [复制链接]

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1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2010-07-24 05:17 |只看该作者 |倒序浏览

大家好，我是做bioinformatic的，我需要对一个5G大小的序列进行排序，但我的电脑的内存大小只有4G,现在我的办法是先做一个数据的分布统计，按大小顺序手工把数据切成若干电脑内存可以存储的区间，然后对这些区间分别排序再连起来，感觉挺笨的。请问有什么更有效的方法么？

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2楼 [报告]

发表于 2010-07-24 14:10 |只看该作者

用数据库。

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3楼 [报告]

发表于 2010-07-24 14:27 |只看该作者

我也是说生信的··你说的排序是怎么样排序？

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4楼 [报告]

发表于 2010-07-24 21:05 |只看该作者

外排序

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5楼 [报告]

发表于 2010-07-27 21:39 |只看该作者

切割成不超过内存处理的小块，然后归并排序，应该还是较快的

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6楼 [报告]

发表于 2010-07-27 22:16 |只看该作者

好像最近的某期电脑报就谈了这个问题

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7楼 [报告]

发表于 2010-07-28 16:08 |只看该作者

建议看看数据结构里的排序算法，有很多适合的

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8楼 [报告]

发表于 2010-07-29 05:34 |只看该作者

回复 3# iamxesam

单纯的大小排序

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9楼 [报告]

发表于 2010-07-29 15:15 |只看该作者

5G的序列, 我覺得不是每個都是唯一的吧, 可以用hash排序

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10楼 [报告]

发表于 2010-07-30 01:10 |只看该作者

回复 9# wind_ch

是惟一的，hash存不下

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