这样的程序perl能不能做？

liyangole

小弟 也写一个练手，大家帮忙看看哈

mingxw

1:  %randed=map{$a[int rand (@a)],0}0..99; 要放在foreach循环外面
2：随机可能重复，即可能有2次选择同一基因

liyangole

恩。老大 说明道理 小弟不明

liyangole

我试了 修改在foreach外面，确实速度快了。
不过还是不明白为什么呢。

珞水的大叔

回复 1# bioinfor

    看了 liyangole 的脚本以后，我终于看明白你的需求了，代码改了一下，在4楼，应该还有点效率

珞水的大叔

回复 10# liyangole


    研究一下你的这段代码

1. for (0..9){
   
2.     $key = $_;
   
3.     foreach (@b){
   
4.         #$count{$key}=0;
   
5.         %randed=map{$a[int rand (@a)],0}0..99;                                 
   
6.         $count{$key}++ if (exists $randed{$_});           
   
7.     }   
   
8.     print $count{$key},"\n"
   
9. }

复制代码

思路很清晰，应该是执行10次，每次抽取100个@a中的基因和@b比较
而每次执行时，抽取100个基因的动作只能做一次，所以

1. %randed=map{$a[int rand (@a)],0}0..99;

复制代码

要放在foreach之外啊

sudatiansheng

perl牛人好多啊

biophysics

运行了一下，珞水的大叔的程序很好很强大！liyangole出来的结果没有达到1000次。不得不说，这里高手云集，我就当没事给大家搞点练习做吧，呵呵。

但现在有个问题是，当两个文件中的基因个数均为100，且完全相同时，出来的1000个相同个数大多为60左右，实际应为全是100才对，是不是因为随机取基因的时候出现了重复取样，即随机取的时候同一个基因取了多次，如基因A、基因B和基因C组成的数据集中，随机取两个基因，perl可能随机取成基因A、基因A，这样实为随机取了一个基因，所以当计算相同基因个数时是1，而不是2。perl有办法可以让取到的基因不再取吗？即单次随机取的100个基因，每个基因都不相同，对于重复1000次的时候每次取的100个基因彼此间有无相同无所谓

附件是具有100个相同基因的两个文件

珞水的大叔

回复 18# biophysics


    代码已修改，放在4楼，试试

sudatiansheng

学习学习