perl调用R函数

biomashujie

论坛中的各位大侠，最近在调试代码遇到一个棘手的问题。
perl调用R函数时,会进入R的环境，此时不会生成默认的*.Rout。
R的很多日志信息会在屏幕中输出，请问我怎样才能控制这种输出呢？

sub Subtest{
        my ($aa,$bb)=@_;
        open(RF, "|$rpath --vanilla --slave ") || failmessage($!);       
        select RF;
        print <<"CODE";
        source("$Bin/test.r")
        SAMR("$aa","$bb")
        warnings()
        q()

CODE
close RF;
        }

这里的print <<"CODE";也让我一直很困惑，不知道是做什么用的？如果没有它，程序就会报错。

aumbrela

曾有类似问题，一直没有答案！！

oldbeggar

试试R的sink()函数

greencow

回复 1# biomashujie


    "CODE" is the identifier in "here-document" syntax. You can get details in perlop.

    By the way, to use R in Perl, Statistics::useR may be also one good solution.

flw

这里的print <<"CODE";也让我一直很困惑，不知道是做什么用的？如果没有它，程序就会报错。
biomashujie 发表于 2011-03-14 11:16

这就是问题所在，使用一种语言，而不去系统地了解它的语法，这注定是要悲剧的。

biomashujie

试试R的sink()函数
oldbeggar 发表于 2011-03-15 08:04

首先谢谢这位大侠。   
使用了sink()函数，发现这个函数与重定向方法相似。可以保存一些R运行的结果。但是如果在调用R包的时候，如果缺少某个包或者某个包名有错误，这些屏幕上的报错是不会备sink()捕获的。
如果将将报错信息也捕获了，就完美了~~

jason680

论坛中的各位大侠，最近在调试代码遇到一个棘手的问题。
perl调用R函数时,会进入R的环境，此时不会生成默认 ...
biomashujie 发表于 2011-03-14 11:16

参考...

perl中如何调用R语言
http://blog.sciencenet.cn/home.p ... =blog&id=272196

RSPerl：在Perl里面调用R
http://gossipcoder.com/?p=53

biomashujie

回复 7# jason680


    大侠，我是在windows下运行代码的。
所以不能用Rs2perl。

jason680

回复  jason680


    大侠，我是在windows下运行代码的。
所以不能用Rs2perl。
biomashujie 发表于 2011-03-15 17:34

... 用Statistics::R ，既可适用于Win32平台，也可在Linux 中使用。....

aef25u

参考...

perl中如何调用R语言


RSPerl：在Perl里面调用R
jason680 发表于 2011-03-15 14:04

没想到我发在人大经济论坛使用Statistics::R的例子还被这么多人转载。好久没用R语言了。
后来发现使用Statistics::R得指定文件夹了。代码如下my $R = Statistics::R->new( log_dir => 'D:/R/tem', tmp_dir => 'D:/R/tem' );
再写一个有perl与R基础都容易看懂的例子。<<"RCODE"...RCODE间是纯R语言代码。其它部分就是perl的代码了。

1. #!usr/bin/perl-w
   
2. use strict;
   
3. use Statistics::R;
   
4. 
   
5. my $R_code=<<"RCODE";
   
6. y1=c(67.63,68.20,69.23,67.90,66.90,66.10,69.21,66.20,64.90,67.20,63.30,65.00,64.10,64.60,62.20)
   
7. y2=c(rep(1,7),rep(2,8))
   
8. d=data.frame(income=y1,area=factor(y2))
   
9. attach(d)
   
10. print('Mann-Whitney检验:')
    
11. print(wilcox.test(income~area,data=d))
    
12. print('双样本Kolmogorov-Smirnov检验:')
    
13. print(ks.test(income[area==1],income[area==2]))
    
14. detach(d)
    
15. RCODE
    
16. 
    
17. my $R = Statistics::R->new( log_dir => 'D:/R/tem', tmp_dir => 'D:/R/tem' );
    
18. 
    
19. #$R->error;
    
20. $R->startR;
    
21. $R->send($R_code);
    
22. my $ret = $R->read;
    
23. print $ret, "\n";
    
24. 
    
25. $R->stopR();

复制代码