新手请教

hlzya

最近有笔经费，大约10万左右，想买两台四路双核的opteron (如821的机器作点VASP的并行计算。然后将这两台机器（计算结点）与从前购置的一台双opteron 250的机器（头结点）连接起来，做一个非常小的集群（如果这也能叫做集群的话，呵呵)，现在碰到的问题是存储这方面不太懂，想请教各位。按照设想，每个计算结点8个核心，可能同时计算两个任务或者一个任务，因此两个计算结点之间基本不需要通讯，所以使用了比较慢的千兆网，而头结点也是通过千兆网与计算结点相联结，我希望在头结点可以编辑计算任务的输入文件，察看结果，这样就需要采用NFS，将头结点的目录共享给计算结点，但是如果这样，则在使用Openpbs提交任务的时候，计算结点的读写操作就必须经过千兆网将数据传回头结点，这样性能损失很大。

因此我想问一下，如何能够在头结点提交任务，而将计算结果保留在计算结点上，而且可以通过头结点察看结果？

可以做NAS，分布式存储？还是怎样？新手提问，请多指教！能不能给个方案？但是别太贵，呵呵。

troyme

你可以将存储直接挂在计算节点上，这样的话就要求两个计算节点都有本地存储，然后NFS都共享给头结点，不知道这样是否符合你的要求

BLZer

vasp。。。老本行啊

不过我现在在做linux系统工程师了，

也搞搞cluster

hlzya

这样是好，你是说分别将两个计算结点的目录共享给头结点对巴，但是问题是如果我在头结点上使用openpbs提交任务的时候可能会提交给两台计算结点中的任何一个，但是提交的时候还是不知道的。这样，在哪一个共享给头结点的目录里提交任务就成了问题，所以还是要请教一下。

原帖由 troyme 于 2007-12-26 08:35 发表
你可以将存储直接挂在计算节点上，这样的话就要求两个计算节点都有本地存储，然后NFS都共享给头结点，不知道这样是否符合你的要求

troyme

如果你的一个任务不需要两个机子同时跑的话，这个比较方便，在提交脚本中，可以指定运行的节点，记得是这样，不知道是否有错

[ 本帖最后由 troyme 于 2007-12-27 11:39 编辑 ]

hlzya

期待更加完美的方法！谢谢！

nntp

原帖由 hlzya 于 2007-12-25 23:37 发表
最近有笔经费，大约10万左右，想买两台四路双核的opteron (如821的机器作点VASP的并行计算。然后将这两台机器（计算结点）与从前购置的一台双opteron 250的机器（头结点）连接起来，做一个非常小的集群（如果 ...

不能划VLAN走2个LAN么?
即便用iSCSI也要有至少1块NIC/node 的投入.

VASP...呵呵几个项目中弄过.

我给你一个建议，VASP计算节点间交换不是很多，使用beowulf反而浪费性能，我建议你考虑买一台性能好的SMP做计算. 10W可以入手SGI了.  SGI和Fujitsu在中国都活的很好，可以拿到性能很好的SMP机器.
不管你相信不相信，如果你自己观测在node间交换也不是很多的话，这次你用了beowulf,下次等你入手NB的单台SMP一跑，你就会后悔死的.

hlzya

呵呵，版大终于发话了。有点不明白，既然VASP计算节点间交换数据不是很多，那么应该是使用beowulf比较好啊（实际上对于我来说，计算结点用千兆网连接，它们之间不需要交换数据）。我是菜鸟，麻烦解释一下。

另外，SGI的机器能否推荐一二？

谢谢！

原帖由 nntp 于 2007-12-28 22:34 发表


不能划VLAN走2个LAN么?
即便用iSCSI也要有至少1块NIC/node 的投入.

VASP...呵呵几个项目中弄过.

我给你一个建议，VASP计算节点间交换不是很多，使用beowulf反而浪费性能，我建议你考虑买一台性能好的 ...

nntp

原帖由 hlzya 于 2007-12-29 10:59 发表
呵呵，版大终于发话了。有点不明白，既然VASP计算节点间交换数据不是很多，那么应该是使用beowulf比较好啊（实际上对于我来说，计算结点用千兆网连接，它们之间不需要交换数据）。我是菜鸟，麻烦解释一下。

...

交换数据不多，意味着计算任务的中间结果交换频率比较少，意味着大部分的中间结果需要在计算节点内完成，意味着SMP上的处理效率和时间占据了整个计算周期中的大部分.
其实不仅仅是VASP, 作物理材料分析方面的计算，生物的分子动力计算，节点越多，效率反而不如意。那些产出大量中间结果的计算比如中尺度气象预报(MM5)，则需要大量节点参与.无论是对于节点数还是节点间的计算网络的要求都是很高的。

SGI要联系的话可以和我站内联系，我不是推销，仅给你一个联系人.

troyme

原帖由 nntp 于 2007-12-29 12:06 发表


交换数据不多，意味着计算任务的中间结果交换频率比较少，意味着大部分的中间结果需要在计算节点内完成，意味着SMP上的处理效率和时间占据了整个计算周期中的大部分.
其实不仅仅是VASP, 作物理材料分析方 ...

一般的生物分子动力学计算，需要的节点数和运算的分子系统规模大小关系很大，所以根据分子系统规模大小一般有一个最佳节点数，所以当超过这个最佳节点数之后，效率反而会降低。