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电梯直达

1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2011-03-22 10:57 |只看该作者 |倒序浏览

本帖最后由 sky_lij 于 2011-03-22 11:32 编辑

从EMBL格式文件中提取有关键词“SIGNAL“（大写）的信息，按下列格式输出(Tab键隔开):

CTGF_HUMAN P29279 SIGNAL 1 26 Potential
IGF2_HUMAN P01344 SIGNAL 1 24

依次为ID, AC的第一个，SIGNAL，开始, 结束, 状态（有几种。如Potential, similarity, 或为空等）。
求代码和思路。（最好是perl）

EMBL格式见附件（只是一少部分数据）。

EMBL.rar

13.83 KB, 下载次数: 34

文库|博客

yinyuemi

大富大贵

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2楼 [报告]

发表于 2011-03-22 11:14 |只看该作者

回复 1# sky_lij

shell:

awk '/^ID/{printf $2"\t"}/^AC/{printf $2"\t"}/^FT SIGNAL/{print $2"\t"$3"\t"$4}' file
IGF2_HUMAN P01344; SIGNAL 1 24
CTGF_HUMAN P29279; SIGNAL 1 26 Potential.

复制代码

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2gua

版主

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3楼 [报告]

发表于 2011-03-22 12:23 |只看该作者

这个问题问得好，有条理，回答的人自然就多了！

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lkk2003rty

巨富豪门

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4楼 [报告]

发表于 2011-03-22 12:47 |只看该作者

perl -ane 'if(/^ID/){$id=$F[1];}if(/^AC/){$ac=(split(/;/,$F[1]))[0];}if(/(SIGNAL.*)/){print "$id $ac $1\n";}' file

复制代码

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sky_lij

白手起家

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5楼 [报告]

发表于 2011-03-22 12:54 |只看该作者

回复 4# lkk2003rty

ane 是什么来的？求详解。

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sky_lij

白手起家

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6楼 [报告]

发表于 2011-03-22 13:01 |只看该作者

回复 2# yinyuemi

输出结果有点问题貌似状态没有输出而且比较凌乱需要再进一步处理
anyway 谢谢~~

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lkk2003rty

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7楼 [报告]

发表于 2011-03-22 13:33 |只看该作者

回复 5# sky_lij

-a             autosplit mode with -n or -p (splits $_ into @F)
-n             assume "while (<>) { ... }" loop around program
-e program       one line of program (several -e's allowed, omit programfile)