这个问题还没有解决呢，请高手帮下忙了

longbow0

bioperl

1. 
   
2. use Bio::AlignIO;
   
3. 
   
4. my $alni = Bio::AlignIO->new(
   
5.   -file => 'aln.fasta', -format => 'fasta',
   
6. );
   
7. 
   
8. my $aln = $alni->next_aln;
   
9. 
   
10. # Remove all alignment gaps
    
11. $aln->remove_gaps;
    
12. 
    
13. my $alno = Bio::AlignIO->new(
    
14.   -file => ">out.fasta", -format => 'fasta',    # output in fasta format
    
15. );
    
16. 
    
17. $alno->write_aln($aln);  # 输出去掉 gap 的比对
    

复制代码

超级细菌

回复 11# longbow0


    你好，谢谢你的回答。我想问的是如果不用Bioperl模块的话，应该用什么函数或者命令，或者还是采用什么循环来解决这个问题呢？因为我还不是很会用模块

超级细菌

回复 11# longbow0


    而且，另外的一个问题是，我运行了一下你的那个代码，发现序列根本没有产生什么变化，只是每条序列的名称后面多了个/1-324，怎么会这样呢？谢谢!

longbow0

回复 12# 超级细菌

如果仅仅只是不熟悉模块，花一点时间学习就可以掌握，这不见的比你直接用perl完成工作花更多的时间。模块的使用本身并不复杂。尤其是这种只需要简单调用模块提供的函数的工作。