求个perl程序，生物信息方面的！

aids260

回复 11# conn2011


    你好，哥们，我用你的程序试了一下，得出来一部分值， 是小数值，能取整吗？？还有，file2的不能以第6列的值为关键字，第二列位置定义哈希，因为第六列的值有相等的。

1. +        BGIBMGA000648-TA         MFBP22_F_C21.seq        nscaf1690        7983491        2927332        2942206
   
2. +        BGIBMGA000648-TA         MFBP22_F_M19.seq        nscaf1690        7983491        2927328        2942181
   
3. +        BGIBMGA000648-TA         MFBP22_F_O19.seq        nscaf1690        7983491        2927328        2942149
   
4. +        BGIBMGA000648-TA         MFBP21_F_E08.seq        nscaf1690        7983491        2927328        2942222
   
5. +        BGIBMGA000648-TA         MFBP21_F_F16.seq        nscaf1690        7983491        2927328        2942207
   
6. +        BGIBMGA000648-TA         MFBP23_F_M16.seq        nscaf1690        7983491        2927328        2942190
   
7. +        BGIBMGA000648-TA         MFBP26_F_G19.seq        nscaf1690        7983491        2927328        2942178

复制代码

aids260

再顶下贴！

aef25u

回复 19# aids260

楼主，file2清零是你file2.txt数据格式的问题，不是我代码出问题，
你file2.txt：+后的分隔符是\t,造成所有数据都向右便移了一位，那肯定找不到结果了。改两句代码就行了。
nscaf***以第一个为准的话小调整就行了。你回我第一次回复那看源代码吧。其实这些小问题你自己调试就能改好代码的。
my @oneArr=split("[ \t]+",$strOne);   

my @twoArr=split("[ \t]+",$strTwo);

aef25u

回复 22# yinyuemi

呵呵，再次看到神一样的代码，原来在一行代码中if还可以对两文件同时进行匹配操作！能解释下END在那里的作用吗？
将你的代码排了下版：

1. perl -lane 'if(/^\+/){$a{$F[1]}+=$F[5];$b{$F[1]}+=1}
   
2.            if(/^BGIB/){$c{$F[0]}=$F[2];$d{$F[0]}=$F[1]}
   
3.            END{for(keys %a){
   
4.                $x=int($a{$_}/$b{$_});
   
5.                $y=$c{$_}-$x;
   
6.                  if($d{$_}){
   
7.                     print "$_, $d{$_}, $x, $y, $b{$_}"
   
8.                  }
   
9.             }
   
10.             } ' file1.fa file2.fa >output.fa  

复制代码

yinyuemi

回复 24# aef25u


类似awk中的END, 所以文件读完后再执行END{}里的指令