bioperl的朋友们，求perl程序啊！

aids260

按照序列名从序列文件里提取序列（文件在附件里）：

序列名的格式是：


BGIBMGA000029-TA
BGIBMGA000074-TA
BGIBMGA000086-TA
BGIBMGA000103-TA
BGIBMGA000062-TA

列文件的格式是这样的：

>pro1/BGIBMGA000062-TA
CGACAGAGGGATGACACTCCGTCCCCATATCAAAACGGTTCGCGACCGTGCCGCCTTCAT
ATTATGCTATGCTTTGCAAGCGAAGCAAACTTTACCTCCGTAATAAGGTAACTCTCTACA
AAACTACAAATGTTCATGATTGACTTCCACAAACCACGGTGAAGGAAGAACATCGTGTAA

不要管前边的”>pro1/“部分，只要和”/“后边的部分对应起来，就把序列提取出来

谢谢了啊！达人

aids260

顶顶

longbow0

看看 Bio::SeqIO 和 Bio::Seq的文档，最多半天就搞定了。

aids260

顶啊，在改论文啊，哥们，呵呵

落英飘风香

楼主加油了，perl很强大

iamlimeng

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. my %gene;
   
7. open(FH,"序列名.txt");
   
8. while (<FH>) {
   
9.          chomp;
   
10.          $gene{$_} = 1;
    
11. }
    
12. close FH;
    
13. 
    
14. open (WR,">gene_result.txt");
    
15. open(FH,"序列.fa");
    
16. my $check;
    
17. while (<FH>) {
    
18.          chomp;
    
19.          if (/>/) {
    
20.                  my ($dump,$name) = split(/\//,$_);
    
21.                  $check = $name;
    
22.                  print WR "$_\n" if ($gene{$check});
    
23.          }
    
24.          elsif ($gene{$check}) { print WR "$_\n"; }
    
25. }
    
26. close FH;
    
27. close WR;

复制代码

楼主既然搞生物，就应该认真把Perl学好，工欲善其事 必先利其器嘛。

iamlike

LS代码很赞 还要好好学习啊

1. open FH,"序列名.txt" ||die "can not open file $!\n";
   
2. 
   
3. while (<FH>)
   
4. {
   
5.     chomp();
   
6.     GetXuLie($_);
   
7. }
   
8. close FH;
   
9. 
   
10. sub GetXuLie
    
11. {
    
12.   my $xulieming=shift;
    
13.   print "xu lie  is $xulieming\n";
    
14.   my $tag=0;
    
15.   my $xulie;
    
16.   open SH,"序列.fa" ||die "can not open file $!\n";
    
17.   while (<SH>)
    
18.   {
    
19.     if (/$xulieming/)
    
20.     {
    
21.       $tag=1;
    
22.         next;
    
23.     }
    
24.     if ($tag==1)
    
25.     {
    
26.      if (/pro\d*/)
    
27.      {
    
28.        print "$xulie\n";
    
29.        close SH;
    
30.        last;
    
31.      }
    
32.      else
    
33.      {
    
34.        $xulie.=$_;
    
35.        next;
    
36.      }
    
37.     }
    
38.     else
    
39.     {
    
40.       next;
    
41.     }
    
42.     close SH;
    
43.   }
    
44. }

复制代码

aef25u

回复 1# aids260

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use Bio::SeqIO;
   
3. open my $FH,">>out.txt";
   
4. $in  = Bio::SeqIO->new( -format => 'fasta', -file => '序列.fa' );
   
5. while ( my $seq = $in->next_seq ) {
   
6.     my $id  = $seq->id;
   
7.     $id  =~s/-?pro\d{1,}\/(.*)-TA$/$1/g;
   
8.     print $FH $id,"\n";
   
9. }
   
10. close $FH;

复制代码

kingwmj

我也是搞生物信息的，可是到现在也不知道bioperl能做什么。
我一般就是用perl处理数据。

chenhao392

回复 9# kingwmj


    我也是，没用过几个bioperl的东西。
    感觉bioperl很多包很强大，能省不少coding时间...要是熟悉的人，该在写代码前先看看bioperl有没有module吧..