计算投影总长度

junlingpang

回复 10# zhlong8


    大侠，能具体讲一下数端点的方法吗？我刚学编程，急需指点，谢了

zhlong8

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    大侠，能具体讲一下数端点的方法吗？我刚学编程，急需指点，谢了
junlingpang 发表于 2011-06-09 22:58

    将这些点排好序，如果开始端点和结束端点数相等即为一段连续区间（当然是最短优先）所以只需要数一次就可以知道总长度了

zhlong8

用 scheme 写个递归的代码

; 只需要定义两个基本元素的交 inter
; 单个元素的值 value
; 用到两个公式
; A ∪ B = A + B - A ∩ B
; A ∩ (B1 ∪ B2 ... Bn) = (A ∩ B1) ∪ (A ∩ B2) ... ∪ (A ∩ Bn)
(define (unions items)
  (if (null? (cdr iems))
    (value (car items))
    (let ((a (car items))
          (b (cdr items)))
      (+ (value a) (unions b)
         (- (unions (map (lambda (x) (inter a x)) b)))))))

junlingpang

回复 13# zhlong8


    啊，谢谢了，我得好好消化一下，多谢多谢^_^

chenhao392

不知道楼主是想做什么，生物信息里面有merge gene reads的工具(C binary)，你可以假装是ABC三个染色体，这些片段是gene的位置，直接拿到结果，如有兴趣，可回复此帖联系我

guap514

1. use List::Util qw(sum);
   
2. my $hash;
   
3. while(<DATA>){
   
4.     my @t = split /\s+/;
   
5.     $hash->{ $t[0] }->[ $_ ] = 1 for $t[1] + 1 .. $t[2];
   
6. }
   
7. 
   
8. foreach my $k ( keys %$hash ){
   
9.     print "$k => ", sum( @{ $hash->{ $k } } ), "\n";
   
10. }
    
11. 
    
12. __DATA__
    
13. A    5     10
    
14. A    15   18
    
15. A    2    7
    
16. A    4    6
    
17. B    1    10
    
18. B    3    5
    
19. C    1    3
    
20. C    4    5
    
21. C    11    13

复制代码

junlingpang

回复 15# chenhao392


    啊~太好啦，呵呵，我也是学生物信息的，研一，刚入门~
  最近在做关于基因中重复序列的一个小的实验，拿到的基因组中有标注基因的位置和重复序列的位置信息，我想统计一下基因中重复序列的百分比。因为一个基因中往往不止一个重复序列，就像上面举的例子那样，所以一开始想编个程序解决一下。
  您说的那个软件可以解决类似的问题吗？谢谢指点^_^

junlingpang

回复 16# guap514


    和4楼的思路类似，但是您的代码更简洁，谢谢大侠帮忙^_^

chenhao392

回复 17# junlingpang


    呵呵，确实可以利用这个工具，不可避免的要用到Bed格式，不过既然都做序列了，这个格式也是经常用的吧
    请google Bedtools manual， 找到里面关于mergeBed/coverageBed 的章节阅读。


    如果只想算百分比，就直接用coverageBed，如果还想 继续这个topic，即 merge这些location再算除法，就看mergeBed.

    咱们干这行的，能利用别人工具是效率最高的了，什么Samtools啊，Bedtools啊，都可以瞅瞅..

junlingpang

回复 19# chenhao392


    嗯，太好了，多谢多谢，刚起步要学习的还有好多哇~谢喽